血液RNAシーケンシングにおける遺伝子検査の技術的考慮事項：グロビン除去法、バッチ効果、およびサンプルタイプの評価

科学分野:

• ゲノミクス
• 分子生物学
• 臨床診断

背景:

• 血液RNAシーケンシング（RNAシーケンシング）は、遺伝性疾患の診断に不可欠であるが、臨床使用には技術的な最適化が必要である。
• 血液RNAシーケンシングの主要な技術的要因には、グロビン除去、バッチ変動、およびサンプルタイプ（全血対末梢血単核球[PBMC]）が含まれる。

研究 の 目的:

• 全血RNAシーケンシングのための試薬ベースのグロビン除去（グロビン-RR）と生物情報学的グロビン除去（グロビン-BR）を評価すること。
• グロビン-RRサンプルのバッチ効果を評価し、RNAシーケンシングのための全血とPBMCを比較すること。
• 血液RNAシーケンシングの臨床実装のための最適な方法を決定すること。

主な方法:

• 効率とシーケンス深度のためにグロビン-RRとグロビン-BRを比較した。
• 主成分分析と相関分析を用いてバッチ効果を分析した。
• 発現相関とメンデル病遺伝子の検出のために全血とPBMCを比較した。

主要な成果:

• グロビン-RRは、グロビン-BRと比較して、優れたグロビン除去、メンデル病遺伝子のより良い検出（51.85％対40.79％）、およびより少ないリード（約1億700万対約1億4900万）を必要とした。
• グロビン-RRは、低いバッチ効果を示した（バッチ間相関、R²>0.96）。
• PBMCは、全血と比較して、メンデル病遺伝子（3,675対3,598）および高発現遺伝子（54.46％対51.85％）の検出率が高く、RNAシーケンシングのための好ましいサンプルタイプとなった。

結論:

• グロビン-RRは、臨床全血RNAシーケンシングのための効果的で再現性があり実用的な方法である。
• PBMCは、高い一致性とより広い遺伝子検出範囲を提供し、遺伝子診断検査の代替として機能する。
• 最適化された技術的考慮事項は、遺伝性疾患診断のための血液RNAシーケンシングの臨床的有用性を高める。