共有フォールディング法を用いた共有タンパク質-リガンド複合体の構造予測のベンチマーク

科学分野:

• 創薬および構造生物学
• 計算化学およびバイオインフォマティクス

背景:

• 標的共有阻害剤（TCI）は、強化された薬物特性を提供するが、その合理的な設計は困難である。
• 共有タンパク質-リガンド複合体の構造の正確な予測は重要であるが、堅牢なベンチマークが不足している。
• 共有フォールディングアプローチは、生体分子モデリングにおいて有望であるが、共有複合体予測におけるその性能は十分に調査されていない。

主な方法:

• 218の共有複合体のデータセットであるCoFD-Benchを開発した。
• 古典的なドッキングツール（AutoDock-GPU、CovDock、GNINA）と共有フォールディングモデル（AlphaFold3、Chai-1、Boltz-1x）を評価した。
• リガンドRMSD精度、タンパク質-リガンド相互作用回復、新規ペアでの性能、および計算効率を評価した。

結論:

• CoFD-Benchは、共有複合体予測手法のための厳格な評価フレームワークを提供する。
• 共有フォールディングモデルは、TCI設計においてより高い精度を提供するが、スケーラビリティの課題に直面する。
• 本研究の結果は、共有フォールディングベースのTCI設計戦略およびモデル改善の将来の開発を導く。