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RNA-seq03:21

RNA-seq

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RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while...
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Ribosome Profiling02:24

Ribosome Profiling

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Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
Applications of ribosome profiling
Ribosome profiling has many applications, including in vivo monitoring of translation inside a particular organ or tissue type and quantifying new protein synthesis levels.
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CircRM: ナノポア直接RNAシーケンシングによる環状RNA修飾のプロファイリング

Jiayi Li1,2,3, Shenglun Chen1,2,4, Zhixing Wu1,2,5,6

  • 1Department of Biosciences and Bioinformatics, School of Science, Xi'an Jiaotong-Liverpool University, 111 Ren'ai Road, Suzhou Industrial Park, Suzhou, Jiangsu 215123, China.

Briefings in bioinformatics
|January 13, 2026
PubMed
まとめ

新しい計算ツールであるCircRMは、ナノポアシーケンシングを使用して環状RNAのRNA修飾をプロファイリングします。線状RNAとは異なる、環状RNA上の独自の修飾パターンを明らかにします。

キーワード:
環状RNAエピトランスクリプトミクスナノポア直接RNAシーケンシング

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科学分野:

  • 分子生物学
  • ゲノミクス
  • バイオインフォマティクス

背景:

  • 環状RNA（circRNA）は重要な調節分子です。
  • RNA修飾はcircRNA機能に大きく影響します。
  • 既存の方法ではcircRNA修飾プロファイリングの解像度が不足しています。

研究 の 目的:

  • circRNAにおけるRNA修飾をプロファイリングするための計算方法を開発すること。
  • 単一分子分解能でcircRNAの trênscriptomic 風景を特徴付けること。
  • circRNA特異的な修飾パターンと特徴を特定すること。

主な方法:

  • ナノポア直接RNAシーケンシングを活用した計算ツールCircRMを開発しました。
  • circRNA検出、リードレベル修飾検出、メチル化率定量化を統合しました。
  • CircRMを適用して、circRNAにおける3つの主要なRNA修飾（m5C、m6A、m1A）をプロファイリングしました。

主要な成果:

  • 427個の高信頼性circRNAを同定し、m5C、m6A、m1A修飾を特徴付けました。
  • 線状RNAと比較してcircRNAにおける異なる修飾パターンを明らかにし、バックスプライスジャンクション付近での濃縮を示しました。
  • 異なる細胞株間での保存および細胞型特異的な修飾パターンを実証しました。

結論:

  • CircRMはcircRNA修飾の研究に強力な計算アプローチを提供します。
  • circRNAはRNAタイプ特異的な調節を伴う独自の trênscriptomic 風景を持っています。
  • この発見は、環状RNA生物学とRNA修飾メカニズムの理解を深めます。