診断用全トランスクリプトームシーケンシング：1233のFFPE固形腫瘍検体シリーズにおける解析
Markus Ball1,2, Susanne Beck1, Darius Wlochowitz1
1Institute of Pathology, Heidelberg University Hospital, Heidelberg, Germany.
British journal of cancer
|January 13, 2026
まとめ
全トランスクリプトームシーケンシング（WTS）は、臨床診断において遺伝子融合およびスプライスバリアントを確実に検出します。厳格な品質管理により正確な結果が得られ、ターゲットパネルを超える付加価値を提供します。
科学分野:
- ゲノミクス
- 分子診断
- がん研究
背景:
- 全トランスクリプトームシーケンシング（WTS）は、遺伝子融合およびスプライスバリアント検出のための包括的なアプローチを提供します。
- 確立された融合アッセイ（Archer FusionPlex、TSO500 RNA）は、現在臨床診断で使用されています。
- 臨床ワークフローへのWTSの統合には、既存の方法に対するパフォーマンス検証が必要です。
研究 の 目的:
- 確立されたターゲット遺伝子融合アッセイと比較して、全トランスクリプトームシーケンシング（WTS）の診断性能を比較すること。
- 臨床現場でのWTSの信頼性の高い実装のための品質管理（QC）指標を確立すること。
- 新規融合、病原体検出、および発がん性経路の分析におけるWTSの付加価値を評価すること。
主な方法:
- WTSは、QC閾値を定義するために、最初に64のFFPE腫瘍検体で評価されました。
- 主要なQC指標には、腫瘍細胞含有量（TCC）≥40%、RNA入力≥50 ng、≥50百万リード、および中央インサートサイズ>100 bpが含まれていました。
- パフォーマンスは、357検体のより大きなコホートで検証され、812の多様な腫瘍症例で臨床展開されました。
主要な成果:
- WTSは初期コホートで既知の融合の92%を特定しました。
- QC閾値が満たされた357検体において、パネルベースの結果との100%の一致が達成されました。
- TCCの低さによりターゲットアッセイへのフォールバックが必要なケースの34%にもかかわらず、WTSは新規融合を検出し、経路に関する洞察を提供しました。
結論:
- 全トランスクリプトームシーケンシング（WTS）は、臨床診断における遺伝子融合およびスプライスバリアント検出のための信頼できる方法です。
- WTSの信頼性には、分析前およびシーケンシングの品質管理指標の厳格な遵守が不可欠です。
- WTSは、がん診断のための包括的なゲノムプロファイリングにおいて significant な価値を示します。
