BodyMeta：様々な病理学的および生理学的条件下での微生物に関する包括的なデータベース

科学分野:

• 微生物学
• バイオインフォマティクス
• ゲノミクス

背景:

• 様々な身体部位の微生物群集は、人間の健康にとって重要です。
• これらのマイクロバイオームにおける重大な変化は、生理学的および病理学的状態中に発生します。
• 包括的なデータベースは、多様な状態および身体部位にわたるこれらのマイクロバイオームの変化を研究するために必要とされています。

研究 の 目的:

• 多様な人間の身体部位からの微生物群集のメタゲノムデータベースであるBodyMetaを開発すること。
• 以前のリソースと比較して大幅に多い数の研究からのデータを統合すること。
• 健康と病気の両方における微生物の役割を調査するための統一されたリソースを提供すること。

主な方法:

• gutMEGAデータベースのアップグレードと拡張によってBodyMetaを開発しました。
• 文献ベースおよび生シーケンスデータセット（全ゲノムおよび16Sアンプリコン）を含む1261の研究からのデータを統合しました。
• 31の身体部位にわたる1842の状態（966の病理学的、879の生理学的）を分類し、微生物の内容、多様性、バイオマーカー、および機能を注釈付けしました。

主要な成果:

• BodyMetaは1261の研究を組み込んでおり、これは182から大幅に増加しています。
• 病理学的状態はMeSH用語を使用して分類され、31の身体部位にわたる1842の状態がカタログ化されました。
• 微生物分類群（文献から59010、生データから40657）を注釈付けし、広範な実験および文献情報をコンパイルしました。

結論:

• BodyMetaは、メタゲノム研究のための包括的で一般にアクセス可能なリソースとして機能します。
• 多様な生理学的および病理学的状態における微生物群集の変化の研究を容易にします。
• マイクロバイオームと人間の健康の関係の理解の進歩をサポートします。