細胞由来DNAシーケンシングライブラリにおけるエンドリペアによるメチル化過小評価

科学分野:

• 分子生物学
• ゲノミクス
• エピジェネティクス

背景:

• 細胞由来DNA（cfDNA）メチル化シーケンシングは、由来組織およびクロマチン構造の決定に不可欠である。
• cfDNA解析のためのライブラリ調製ワークフローには、しばしばエンドリペアステップが含まれる。

研究 の 目的:

• cfDNAメチル化推定に対するライブラリ調製中のエンドリペアの影響を調査すること。
• 一本鎖および二本鎖cfDNAライブラリを用いた由来組織決定精度の比較。

主な方法:

• 同一のcfDNA抽出物から、一本鎖および二本鎖DNAライブラリを調製した。
• 推定CpGメチル化レベルを両方のライブラリタイプで解析した。
• 由来組織予測の精度を評価した。

主要な成果:

• 二本鎖cfDNAライブラリにおけるエンドリペアは、推定されるCpGメチル化レベルを全体的に著しく低下させた。
• メチル化推定の低下は、由来組織決定の精度低下につながった。
• 二本鎖ライブラリにおけるリード末端のトリミングは、バイアスを部分的に修正したが、カバレッジを低下させ、フラグメントミクスデータを失った。
• エンドリペアを省略した一本鎖cfDNAライブラリは、メチル化精度とフラグメントミクス情報を保持した。

結論:

• エンドリペアは、cfDNAメチル化シーケンシングにバイアスを導入し、由来組織の精度に影響を与える重要なステップである。
• 一本鎖ライブラリ調製は、重要なエピジェネティックおよびフラグメントミクス情報を保持し、cfDNAメチル化解析のための優れた方法である。