RNA-SeqによるGARDskinアッセイにおける遺伝子発現レベルの定量化

科学分野:

• 毒性学
• ゲノミクス
• インビトロアッセイ

背景:

• 皮膚感作性物質の同定のための非動物法が進歩している。
• GARDskinアッセイは現在、ハザード分類のために標的遺伝子発現を使用している。
• 次世代シーケンシングは、遺伝子発現解析に新たな可能性を提供する。

研究 の 目的:

• GARDskinアッセイにおける遺伝子発現定量化法としてRNAシーケンシング（RNA-seq）を評価すること。
• RNA-seqデータを現在のNanoString nCounterプラットフォームと比較すること。
• 皮膚感作性ハザード分類におけるRNA-seqの信頼性を評価すること。

主な方法:

• RNA-seqは、以前NanoString nCounterで分析された24のペアサンプルで実施された。
• 両プラットフォームからの遺伝子発現プロファイルが比較された。
• RNA-seqデータは、ハザード分類のために標準GARDskin分析パイプラインで使用された。

主要な成果:

• RNA-seqおよびNanoStringからの遺伝子発現プロファイルは非常に類似していた（Spearmanのrho=0.95、LinのCCC=0.87）。
• RNA-seqデータは24の処置の感作性ハザードを正常に分類した。
• RNA-seqデータを用いた分類は、参照分類と完全に一致した。

結論:

• RNA-seqデータはNanoString nCounterデータと強く類似している。
• RNA-seqは、GARDskinアッセイ内のハザード分類に信頼性をもって使用できる。
• これにより、RNA-seqは非動物試験における遺伝子発現定量化の実行可能な代替法として検証される。