TGP-WEB: Trichodermaゲノムの自動遺伝子予測サーバー

科学分野:

• ゲノミクス; バイオインフォマティクス; 真菌学

背景:

• トリコデルマ属は、植物に有益な重要な微生物および生物的防除剤です。トリコデルマのゲノミクスと機能を理解するためには、正確な遺伝子予測が不可欠です。既存の遺伝子予測ツールは、トリコデルマに対して特異性または効率性が欠けている可能性があります。

研究 の 目的:

• トリコデルマゲノムにおける正確な遺伝子予測のためのトリコデルマ遺伝子予測ウェブサーバー（TGP-WEB）を開発し、提示すること。研究者が包括的な遺伝子セットと機能的注釈を取得するためのユーザーフレンドリーなプラットフォームを提供すること。トリコデルマ属のゲノム研究と分類学的明確化を促進すること。

主な方法:

• ab initio（Augustus、GeneMark）および相同性ベース（Braker）の方法を組み合わせたハイブリッド遺伝子予測戦略。ランキングフレームワークを使用した予測の統合と優先順位付け。ドメイン注釈と完全性のためのBUSCO評価による機能的評価。相同性ベースの予測のためにNCBI Refseqデータベースからの菌類タンパク質配列を利用しました。

主要な成果:

• TGP-WEBは、177のトリコデルマゲノム全体で高い遺伝子予測精度を達成しました。ベンチマーキングにより、公開されているゲノムの88％で90％以上の遺伝子回収率が示されました。以前注釈が付けられていなかった135のゲノムに対して完全な遺伝子セットが生成されました。BUSCO評価は、ゲノムの94.92％で97％以上の完全性を示しました。頑健な系統解析のために2100個の単一コピー遺伝子の同定を可能にしました。

結論:

• TGP-WEBは、トリコデルマゲノムにおける遺伝子予測のための正確かつ効率的なツールです。生成された遺伝子セットと系統解析は、トリコデルマの分類と進化の理解を深めます。TGP-WEBは、これらの重要な菌類の種に関する進行中の研究をサポートします。