レーザーマイクロダイセクションから空間的グリコミクスへ：高感度スキャナーを用いた組織グリコームマッピングのためのレクチンマイクロアレイプロトコル

科学分野:

• 生化学
• 分子生物学
• 組織学

背景:

• ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織は広く利用可能であり、組織構造を保存します。
• 空間的グリコミクスは、微小組織領域の精密な分離を必要とします。
• レーザーマイクロダイセクション（LMD）とレクチンマイクロアレイ（LMA）は、グリコミクスプロファイリングのための重要な技術です。

主な方法:

• 形態ガイド、シリアルセクション上のプローブガイド、および染色済みセクションからの直接解剖の3つのLMD-LMAアプローチを開発しました。
• 感度向上とノイズ低減のため、高性能エバネッセント場蛍光スキャナー（GSR2300）でワークフローを最適化しました。
• 標準化されたLMAパイプライン：タンパク質抽出、Cy3標識、レクチン-糖タンパク質相互作用、蛍光スキャン、データ適格性評価。

結論:

• LMD-LMAは、既存のLMDパイプラインと互換性のある、空間的グリコミクス用のプラグアンドプレイプロトコルを提供します。
• マイクロダイセクションされた領域をミラーリングすることにより、空間的トランスクリプトミクスおよびプロテオミクス用の共同登録データセットを可能にします。
• 生物学的解釈を強化するために、グリカン情報をより広範な空間的オミクスワークフローに統合することを奨励します。