レーザーキャプチャFFPEサンプルとOrbitrap Astral DIA-MSのための低入力プロテオミクスプロトコル

科学分野:

• プロテオミクス
• 分子生物学
• 生化学

背景:

• レーザーマイクロダイセクション（LMD）と質量分析（MS）を組み合わせたものは、組織の不均一性を分析するために不可欠です。
• 低入力組織サンプルの分析は、プロテオーム研究において重大な課題をもたらします。
• 既存のプロトコルは、サンプル損失の最小化または手動処理に最適化されていない場合があります。

研究 の 目的:

• LMD-MS分析のための低入力サンプル調製のための2つの最適化されたプロトコルを提示すること。
• マイクロダイセクションされた組織領域の高感度、高解像度のプロテオーム分析を可能にすること。
• 臨床サンプルの再現性のあるプロテオームプロファイリングのためのガイダンスを提供すること。

主な方法:

• 2つの低入力サンプル調製ワークフローの開発と最適化：固相増強調製（SP3）および界面活性剤/有機溶媒（DDM/ACN）。
• 小さな組織領域（厚さ10μmのFFPE組織の1500μm²まで）にプロトコルを適用すること。
• データ非依存型取得（DIA）を使用した高解像度質量分析（Orbitrap Astral）との統合。

主要な成果:

• プロトコルはサンプル損失を最小限に抑え、非常に小さな組織領域の分析を可能にします。
• 低入力サンプルから実質的なプロテオーム深度で、再現性のあるプロテオームプロファイリングを達成しました。
• マイクロダイセクションされたFFPE組織の高感度かつ高解像度のプロテオーム分析を実証しました。

結論:

• 開発されたSP3およびDDM/ACNプロトコルは、低入力LMD-MSのための堅牢なソリューションを提供します。
• これらの方法は、臨床サンプルにおける空間的不均一性の調査を高い精度で促進します。
• プロトコルは手動処理に適しており、自動化プラットフォームを持たない研究者にとってのアクセス可能性を高めます。