eXplainable AI駆動のフラックスバランス解析による長期継代培養中のCHO細胞の安定性の探求

科学分野:

• バイオテクノロジー
• 細胞生物学
• 代謝工学

背景:

• チャイニーズハムスター卵巣（CHO）細胞株における生産安定性は、治療用タンパク質製造にとって重要であるが、延長された細胞継代中にしばしば損なわれる。
• 後期継代CHO培養における不安定性と生産性低下を引き起こす根本的なメカニズムは、依然として十分に理解されていない。

研究 の 目的:

• 早期継代（EP）および後期継代（LP）CHO培養間の表現型および代謝的差異を機構的に特徴付ける。
• 細胞の挙動と生産性の延長された継代を通じた分岐の原因となる主要な代謝経路を特定する。

主な方法:

• 時間的エキソメタボライトプロファイルの時間的変動の多変量データ解析（MVDA）。
• 代謝再配線を調査するための説明可能な人工知能（xAI）と統合されたフラックスバランス解析（FBA）。
• EPおよびLP培養間の細胞増殖、治療用タンパク質（IgG）力価、および主要代謝産物濃度の比較。

主要な成果:

• 後期継代（LP）CHO培養は、早期継代（EP）培養と比較して同等のピーク生存細胞密度を示したが、ピークIgG力価は有意に低下した（約35%）。
• LP培養では、代謝機能の変化を示す乳酸とアンモニアの蓄積が増加した。
• MVDAは、指数関数的増殖期がEPおよびLP培養間の代謝分岐の重要なウィンドウであることを特定した。

結論:

• 早期継代（EP）CHO細胞は、増殖をサポートするためにアセチルCoAを脂肪酸生合成に優先させる。
• 後期継代（LP）CHO細胞は、転写経路（システインおよびグルタチオン合成）による酸化ストレス軽減と、エネルギー恒常性のためのTCAサイクルの活性化に向けて代謝の焦点をシフトさせる。
• システイン-グルタチオン軸は、CHO細胞培養の長期的な安定性と生産性を改善するための重要な代謝ターゲットを表す。