DMC-BrainMap：異なる種におけるマルチフィーチャー脳マッピングのためのオープンソース、エンドツーエンドツール

科学分野:

• 神経科学
• バイオインフォマティクス
• 計算生物学

背景:

• 正確な解剖学的マッピングは、脳の構造と機能を理解するために不可欠です。
• 神経解剖学的データの処理および分析のための現在の方法は、複雑で時間がかかり、かなりのプログラミングの専門知識を必要とする可能性があります。
• 神経科学研究における全脳分析を容易にするための、アクセス可能で合理化されたツールの必要性があります。

研究 の 目的:

• DMC-BrainMapの紹介。これは、解剖学的データのユーザーフレンドリーで合理化された処理および全脳分析のために設計されたオープンソースのnapariプラグインです。
• 画像取得後のステップ（前処理、登録、セグメンテーション、分析/視覚化を含む）のための包括的なソリューションを提供すること。
• 動物モデルを含む神経科学研究における厳密性、再現性、およびデータ共有を強化すること。

主な方法:

• DMC-BrainMapをオープンソースのnapariプラグインとして開発しました。
• 画像前処理、アトラス登録、解剖学的特徴セグメンテーション、およびデータ分析/視覚化をカバーするコア機能の実装。
• 複数のモデル生物（マウス、ラット、ゼブラフィッシュ）および発達段階からの多様な組織学的データへの適用。

主要な成果:

• 細胞体、軸索密度、注入部位、および光ファイバー/Neuropixelsトラックを含むさまざまな特徴のマッピングと定量化におけるDMC-BrainMapの有用性を実証しました。
• 単一細胞空間トランスクリプトミクスおよびニューロン形態データへの成功裏の適用。
• プラグインの多様性を強調し、異なる種および発達段階での検証。

結論:

• DMC-BrainMapは、複雑な神経解剖学的データ分析のための強力でありながら使いやすいソリューションを提供します。
• このプラグインはユーザープログラミングの必要性を排除するため、神経科学コミュニティにおけるアクセス可能性と採用率が向上します。
• DMC-BrainMapは、動物モデルを使用した再現可能で共有可能な神経科学研究の進歩に大きく貢献します。