エイジエフェクト・エクスプローラー: 組織特有の年齢に関連する遺伝子発現の変化をブラウズし,視覚化するためのシャイニーアプリケーション

科学分野:

• ゲノミクスゲノミクスとは
• 老化に関する研究
• バイオインフォマティックス

背景:

• 年齢に関連する転写変化を理解することは,老化と疾患の研究の鍵です.
• 現在のゲノム分析ツールには,高度なプログラミングスキルが必要になり,アクセシビリティが制限されています.
• 総合的な老化研究には,ユーザーフレンドリーなツールが必要です.

研究 の 目的:

• 年齢および性別に関連する遺伝子発現パターンを分析するためのインタラクティブなR Shinyアプリケーションを開発する.
• 複数のヒト組織における老化トランスクリプトミクスのコードフリーな探索を提供するため.
• 組織特異的な老化メカニズムの発見を容易にする.

主な方法:

• ゲノタイプ-組織表現 (GTEx) v10 データ 54 人の組織.
• 981人の個体の遺伝子レベルの発現プロフィールを分析した.
• FDR補正を含む年齢,性別,技術的共変数を含む,従来の最小二乗線形モデルを使用した.

主要な成果:

• インタラクティブなウェブアプリケーションであるAge Effect Explorerを開発しました.
• 予め計算された結果はクラウドデータベースに保存され,コードなしで迅速に探索できます.
• 年齢に関連したEDA2R.などの既知の老化マーカーを検証した.

結論:

• Age Effect Explorerは,高齢化トランスクリプトミクスデータへのアクセスを民主化しています.
• このアプリケーションは,年齢および性別に関連する遺伝子発現のシステマティックな分析を容易にする.
• 研究者が組織特異的な老化の分子メカニズムを明らかにすることを可能にします.