単細胞RNA-Seq プロファイリング ウイルスの感染中にヒトの周周周血液細胞における移植可能な要素表現のプロファイリング
Oleg D Fateev1, Vasily E Akimov1, Olga V Glushkova1
1Federal State Budgetary Institution "Center for Strategic Planning and Management of Biomedical Health Risks" of the Federal Medical-Biological Agency (FSBI "CSP" of FMBA of Russia), Pogodinskaya str. 10, bld. 1, Moscow 119435, Russia.
移植可能な要素 (TEs) は免疫を調節する. この研究では,HIVやSARS-CoV-2などのウイルス感染症におけるユニークな非LTR TE発現パターンが発見され,疾患の評価と潜在的なバイオマーカーの特定に役立ちました.
科学分野:
- 免疫学 免疫学とは
- ゲノミクスゲノミクスとは
- ウイルス学 ウイルス学 ウイルス学
背景:
- 移植可能元素 (TEs) は,免疫調節に不可欠であり,ウイルス感染中に活性が増加します.
- 非LTR TEs (LINE,SINE,SVA) は,抗ウイルス反応と相関する変化した発現を示します.
研究 の 目的:
- インフルエンザA,HIV,SARS-CoV-2感染時のヒトPBMCにおける非LTR TEトランスクリプトミックシグネチャーを調査する.
- 疾患の重症度評価,進行予測,治療評価のための細胞特異的なTEパターンを特定します.
- 細胞毒性T細胞におけるTE共発現ネットワークを分析し,診断および治療の標的を特定する.
主な方法:
- 98人の患者のサンプルで単細胞RNA配列解析 (scRNA-seq) を行いました.
- トランスクリプトームデータのバイオ情報分析.
- TEsと転写因子の共表現ネットワーク分析.
主要な成果:
- HIVとSARS-CoV-2コホートで特定された独特の細胞特異的な非LTR TE発現パターン.
- TE発現は,疾患の重症度,進行,治療の有効性に関連しています.
- 先駆体である細胞毒性T細胞は,ウイルスと疾患の重度に応じて,最も変動するTE発現を示した.
- TEネットワークの重要な規制担当者は,潜在的なバイオマーカーとして特定されました.
結論:
- 非LTR TEsは,抗ウイルス反応の媒介に関与しています.
- 細胞特異的なTEシグネチャーは,疾患の重症度を区別し,進行を予測することができます.
- 特定されたTE関連ネットワークと転写因子は,ウイルス感染症の潜在的な診断バイオマーカーと治療標的を提供します.
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