PacBio HiFiおよびHi-C技術を使用してMicrotus fortisの染色体レベルのゲノムを組み立てました

科学分野:

• ゲノミクスゲノミクスとは
• 比較ゲノミクスとは
• 哺乳類の遺伝学について

背景:

• (Microtus fortis) は,独特の生物学的特性を有する貴重な歯類モデルである.
• Schistosoma japonicumに対する天然の耐性が特に興味深い.
• 遺伝子研究には,高品質のリファレンスゲノムが必要です.

研究 の 目的:

• マイクロトゥス・フォルティス (Microtus fortis) の最初の染色体レベルのゲノムアセンブリを生産する.
• 種の独特の現象型に関する遺伝的研究を促進する.
• 比較ゲノミクスの基礎的なリソースを提供すること.

主な方法:

• PacBio HiFiのロングリードシーケンシングは,ゲノムアセンブリに使用されました.
• Hi-Cのデータは,染色体レベルでの施工に利用されました.
• ゲノムの完全性を評価するために,BUSCO分析が行われました.

主要な成果:

• 2.29 Gbのゲノムアセンブリで,絶好の連続性がある (コンティグ N50 = 68.89 Mb,エスカフォールド N50 = 91.23 Mb).
• 配列の97.7%が26個の擬似分子に固定され,カリオタイプに一致しました.
• Annotationでは,23,678のタンパク質をコードする遺伝子を特定し,97.5%が機能的に割り当てられた.

結論:

• 高品質のゲノムアセンブリは,Microtus fortisの研究にとって重要なリソースです.
• 生まれつきの免疫と病気に対する耐性の背後にある遺伝的メカニズムの探索を可能にします.
• このアセンブリは,比較ゲノミクスを通して,歯類の進化の理解を深める.