96チャネルのパイプターと磁気ピン装置を用いた高通量プロテオミクスサンプル準備

科学分野:

• プロテオミクス プロテオミクスは,プロテオミクスの
• バイオケミストリー バイオケミストリー
• アナリティカル・ケミストリー (Analytical Chemistry) とは

背景:

• 高通量プロテオミクス,特に翻訳後の改変 (PTM) プロファイリングは,自動化,再現性,コストの面で課題に直面しています.
• 現在の自動化されたワークフローは,しばしば複雑で高価であり,多くの研究ラボのアクセシビリティを制限しています.

研究 の 目的:

• 手動で操作される96チャネルデバイスを使用して,再現可能なフォスフォプロテオミクスのための実用的で費用対効果の高い中間ソリューションを提示します.
• 高通量プロテオミクスにおけるサンプル処理の効率を簡素化し,向上させる.
• プロテオミクスワークフローの完全な自動化に向けたステップストーンとして機能します.

主な方法:

• Gilson Platemaster P220パイペッターとVP Scientific 96well磁気ピン装置を使用して,手動で操作しました.
• オアシスHLBソルベンツを使用して96井戸の固体相抽出板を生成するための費用対効果の高い方法を開発しました.
• 絶え間ないビーズサスペンションが不要であることを実証することによって,最適化されたタンパク質集積捕獲 (PAC/SP3) 消化.

主要な成果:

• 2日以内に96井戸のフォーマットで堅牢で再現可能なフォスフォプロテオミクスを達成しました.
• プロテイン・アグレゲーション・キャプチャ (PAC/SP3) 消化,脱塩,フォスフォペプチド濃縮,第2段階の脱塩を成功裏に完了しました.
• 荷載量,脂質除去,分断の適性について,カスタムパックされた96井戸の固体相抽出板の性能を特徴づけました.
• 簡素化されたPAC消化が短時間吸入によって実証され,軌道振動の必要性がなくなりました.

結論:

• 提示された96チャンネルワークフローのマニュアルは,フォスフォプロテオミクスの実用的で再現可能なアプローチを提供します.
• 固体相抽出プレート生成と消化方法における革新は,コストと複雑性を削減します.
• このワークフローは,ユーザーを96チャネルデバイスに慣らし,完全に自動化された高通量プロテオミクスへの移行を容易にします.