プログラム可能な多重複合プロテオミクスは,シーケンス・エンコーディング・マス・タギングによるものです
Xinyi Sun1,2, Haoni Yan1, Aiting Wang1,2
1Department of Anesthesiology and Surgical Intensive Care Unit, Xinhua Hospital, School of Medicine and School of Biomedical Engineering, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200030, China.
プロテオミクスのための同位体のないタギング戦略であるePASを導入. この新しい方法は,配列で定義された化学モジュールを使用し,スケーラブルで費用対効果が高く,高通量分析のための伝統的な同位体タグの制限を克服します.
科学分野:
- プロテオミクス プロテオミクスは,プロテオミクスの
- アナリティカル・ケミストリー (Analytical Chemistry) とは
- バイオテクノロジー バイオテクノロジー
背景:
- 同位体タギングはプロテオミクスの定量化に革命をもたらしたが,同位体コーディングによるスケーラビリティ,合成の複雑性,コストの制限に直面している.
- 既存の方法は,臨床および単細胞研究における超高スループットアプリケーションを妨げています.
研究 の 目的:
- プロテオミクスのための新しい同位体のないタギング戦略であるePAS (Expandable Platform by Arrangement of Sequence) を導入する.
- 同位体タグの固有の制約を克服し,拡張性,合成,費用対効果を高める.
主な方法:
- 同位体元素の代わりに,配列で定義された化学モジュールと非正規のアミノ酸 (ncAA) を利用したePASを開発しました.
- MS/MSの断片化時にシーケンス固有のレポーター生成のためのプロリンベースの分子を組み込みました.
- 概念実証研究のためのトリプルエックス ePAS タグセットを設計・合成しました.
主要な成果:
- 複雑な生物学的サンプル (ペプチド,E. coli,S. aureus lysates) で堅実な性能を示しています.
- 高いラベリング効率 (>90%),正確な定量化 (比例誤差 <20%) と幅広いダイナミックレンジを達成しました.
- マルチプレキシング能力の複合的な成長を示し,ncaa.as.を増加させました.
結論:
- ePASは,同位体タグの制限を克服する普遍的で,合成に便利で,プログラム可能なプラットフォームです.
- この新しい戦略は,超高通量プロテオミクスを可能にします.
- 臨床および単細胞プロテオミクスの応用のための新しい道を開く.
さらに関連する動画
10:37Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification
Published on: November 15, 2017
09:24Automated Sample Multiplexing by using Combined Precursor Isotopic Labeling and Isobaric Tagging cPILOT
Published on: December 18, 2020
関連する概念動画
Peptide Identification Using Tandem Mass Spectrometry
This technique helps gather information regarding the protein from which the peptide was obtained and to study the peptides’ amino acid sequence. Identifying peptides from a complex mixture is an important component of the growing field of...
Tagging and Fusion Proteins
Proteomics
Proteomics is the study of proteomes' function. It involves the large-scale systematic study of the proteome to denote the protein complement expressed by a genome. Scientist Mark Wilkins coined the term...
MALDI-TOF Mass Spectrometry
