メタゲノミクスシーケンシングは,PCR陰性サブセットの監視サンプルで潜在的呼吸器系病原体を特定します

科学分野:

• 感染症 感染症は感染症です.
• ゲノミクスゲノミクスとは
• 公共衛生の監視 公共衛生の監視

背景:

• 呼吸器系病原菌は,世界的な健康と経済的負担を大きく引き起こす.
• COVID-19のパンデミックは,呼吸器疾患の監視に重点を置いた.
• BioFire呼吸器パネル (RP) のようなマルチプレックス核酸増幅テスト (NAAT) は,一般的な呼吸器の病原体を検出します.

研究 の 目的:

• 標準診断検査で陰性となるサンプルにおける呼吸器系病原体を特定するための非標的メタゲノム配列を評価する.
• 病原体発見とゲノム疫学におけるメタゲノミクスの有用性を評価する.
• マルチプレックスNAAT機能を超えて病原体監視の範囲を拡大する.

主な方法:

• 非標的メタゲノムシーケンシングは,BioFire RP陰性サンプル305本,陽性サンプル26本で行われました.
• ヒトウイルスを標的にしたサンブキャプチャエンリッチメントシーケンシングは78個のサンプルのサブセットに使用されました.
• ゲノム流行病学と変異追跡は,ゲノム回復によって可能になった.

主要な成果:

• ヒト呼吸器系ウイルスは,以前に陰性であったサンプルの5%で特定されました.
• インフルエンザCウイルス,ヒトボカウイルス,ライノウイルスA,C,SARS-CoV-2が最も多く検出されたウイルスでした.
• 14種類のウイルスのコンセンサスゲノムが回収され,株の多様性と地理的なクラスタリングが明らかになりました. 主要なバクテリアや真菌も21個のサンプルで見つかりました.

結論:

• メタゲノムシーケンシングは,マルチプレックスNAATで見逃した病原体を特定するのに価値があります.
• このアプローチは,NAAT陰性症例における呼吸器疾患の病因を理解するのに役立ちます.
• メタゲノミクスは,病原体監視とゲノム流行病学の能力を大幅に強化します.