ナディックスエフェクタ RipNによるディヌクレオチド基板認識と触媒の構造的基礎は,Ralstonia solanacearumからのRipNである

科学分野:

• 植物と微生物の相互作用
• 植物免疫の分子メカニズム
• 酵素学と構造生物学について

背景:

• Ralstonia solanacearumの細菌エフェクターRipNは,宿主のダイヌクレオチド代謝を標的とし,植物免疫を抑制する.
• RipNは,NADHを優先的に水解するNudixヒドロラーゼですが,その基板特異性と触媒機構は十分に理解されていません.

研究 の 目的:

• RipNの基板特異性と触媒機構の構造的基礎を解明する.
• RipNがホストのダイヌクレオチド代謝産物を選択的に標的にする方法を理解するために.

主な方法:

• 完全長さのRipNと突然変異体 (RipN^E220AΔN81) のX線結晶学.
• ポケット分析と分子ドッキングのためのCASTpを含む計算分析.
• 構造分析による主要な基板差別化残留物の特定.

主要な成果:

• RipNは,ダイヌクレオチドを収納する複合基板結合ポケットを持つヌディックス折りたたみを持っています.
• NADH,ADP-リボース,FADは保存された結合モードを共有しています.
• Tyr318とGlu384は,塩基特異の相互作用とステリック排除において重要な役割を果たし,関連する代謝産物に対するNADHの水解を保証する.
• Glu220に依存する,Mg^2+アシストの触媒機構が提案されており,それは,フォスフォアンヒドリド結合の裂け目のために水の活性化を含む.

結論:

• RipNによる宿主ダイヌクレオチド代謝の選択的ターゲティングに関する構造的および機械的洞察.
• 保存されたヌディクスの足場が,植物と病原体の相互作用における特定の効果因子機能にどのように適応できるかを示す.