複雑な混合モデルを用いた分子時計の年代測定:古代シンビオンに適用された

科学分野:

• 進化生物学の進化生物学について
• コンピュータ生物学 コンピュータ生物学
• フィロジェネティクス フィルジェネティクス

背景:

• 分子時計は,進化のタイミングに不可欠ですが,単純な置換モデルのためにしばしば不正確です.
• 代謝の異質性と,深時間または急速な進化の系統における飽和は,現在の分子時計の方法を損なう.

研究 の 目的:

• 複雑な混合物置換モデルを用いた分子年代測定のためのジュリアベースのソフトウェアであるphyloHessianを紹介します.
• 分子時計解析における分岐時間と置換率の推定値の精度を向上させる.

主な方法:

• phyloHessianは,遺伝学的なヘッセン系マトリックスを計算する.
• Hessian matrixをPAML-MCMCtreeの推定確率フレームワークに統合して年代測定する.
• 複合的な混合物置換モデルを,均質なモデルではなく,複合的な混合物置換モデルを使用します.

主要な成果:

• 複雑な混合モデルにより,深層時代の系統学における分岐時間と置換率の精度が大幅に改善されます.
• 混合モデルは,均質なモデルと比較して,モデルと校正の不確実性に対してより高い強度を示しています.
• 経験的分析により,マイクロスポリジアとリケッティシアルのための加速された置換率と変化した分岐時間が明らかになった.

結論:

• 複雑な混合物置換モデルを組み込むことは,信頼性の高い進化のタイムラインに不可欠です.
• phyloHessianは,深い時間または急速に進化する系統の研究を強化します.
• 改訂された進化史と宿主関連起源は,古代シンビオンのために提案されています.