プロテオミクス/ペプチドミクスの微分-多量分析の推定とバッチ効果補正の実用的な影響
Charis Gonidaki1,2, Agnieszka Latosinska3, Antonia Vlahou1
1Center of Systems Biology, Biomedical Research Foundation of the Academy of Athens (BRFAA), Athens, Greece.
Proteomics
|February 18, 2026
まとめ
適切なデータ前処理方法を選択することは,臨床プロテオミクスにおいて極めて重要です. バッチ矯正は,特に疾患状態を考慮せずに,重要な生物学的信号を取り除くことができ,慢性腎疾患の研究におけるバイオマーカーの発見に影響を与えます.
科学分野:
- プロテオミクス プロテオミクスは,プロテオミクスの
- バイオマーカーの発見
- 臨床化学 臨床化学について
背景:
- 質量スペクトロメトリー (MS) ベースのプロテオミクスは,バイオマーカーの発見に価値がありますが,欠けている値やバッチ効果などの課題に直面しています.
- 大規模な臨床プロテオミクスのデータセットに対する既存の割り算とバッチ訂正方法の影響は完全に理解されていません.
- 慢性腎疾患 (CKD) バイオマーカーの研究には,強力なデータ分析パイプラインが必要です.
研究 の 目的:
- 差異的豊富度分析に関する一般的な割り算とバッチ修正方法の実用的な影響と相互作用を評価する.
- CKDの大規模な尿ペプチドミクスデータセットにおける疾患関連ペプチド (DAP) の識別に対するこれらの方法の効果を評価する.
- 臨床プロテオミクスの生物信号保存に,事前処理の選択がどのように影響するかを理解する.
主な方法:
- CE-MS尿ペプチドミクスデータセットを分析し,CKD患者および対照群の13バッチにわたる1,050個のサンプルを分析した.
- 3つの割り算方法 (ガウス式, 1⁄2 LOD, KNN) と3つのバッチ修正アプローチ (ComBat, ComBat with disease covariate, MNN) を組み合わせてテストしました.
- 発見と検証セットの間の特定されたDAPを検証することによって,下流効果を評価した.
主要な成果:
- 割り算方法の選択は,DAPの最終的なリストに最小限の影響を及ぼしました.
- バッチ効果の修正により,結果は大きく変化した;MNNと調整されていないComBatは,DAPの相当な割合 (~50%と>90) を除去した.
- ComBatモデルに疾患状態を含めたことは,調整されていない方法と比較して,生物学的信号を大きく保存しました.
結論:
- 前処理の選択,特にバッチ効果補正戦略は,臨床プロテオミクスの下流結果に重大な影響を及ぼします.
- 割り算とバッチ効果補正方法は相互作用し,共にDAPの識別に影響を与えます.
- バッチ効果補正の適用は,有意義な生物学的信号の喪失につながる可能性があるため,注意が必要です.
