Jove
Visualize
お問い合わせ
JoVE
x logofacebook logolinkedin logoyoutube logo
JoVEについて
概要リーダーシップブログJoVEヘルプセンター
著者向け
出版プロセス編集委員会範囲と方針査読よくある質問投稿
図書館員向け
推薦の声購読アクセスリソース図書館諮問委員会よくある質問
研究
JoVE JournalMethods CollectionsJoVE Encyclopedia of Experimentsアーカイブ
教育
JoVE CoreJoVE BusinessJoVE Science EducationJoVE Lab Manual教員リソースセンター教員サイト
利用規約
プライバシーポリシー
ポリシー

関連する概念動画

こちらも読む

関連記事

共著者、ジャーナル、引用グラフによってこの研究に関連する記事。

並び替え
Same author

Meta-analysis of DNA methylation aging signatures in 17 human tissues.

Nature aging·2026
Same author

Variations in Innate Immune Cell Subtypes Correlate with Epigenetic Clocks, Inflammaging and Health Outcomes.

Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)·2025
Same author

An improved reference library and method for accurate cell-type deconvolution of bulk-tissue miRNA data.

Nature communications·2025
Same author

Epigenetic clocks and inflammaging: pitfalls caused by ignoring cell-type heterogeneity.

GeroScience·2025
Same author

Epigenetic ageing clocks: statistical methods and emerging computational challenges.

Nature reviews. Genetics·2025
Same author

Integrative analysis of genomic and epigenomic regulation reveals miRNA mediated tumor heterogeneity and immune evasion in lower grade glioma.

Communications biology·2024
Same journal

Ciliary flow and morphology shape mass transport at the surface and within gastrovascular cavities of black corals.

Communications biology·2026
Same journal

Virus-mediated prokaryotic community adaptation dynamics under thermal stress in municipal organic solid waste microbiomes.

Communications biology·2026
Same journal

Multi-omics insights into the woolly trait of Saussurea medusa and the plant's coordinated regulation of flavonoid biosynthesis.

Communications biology·2026
Same journal

Loss contexts enhance dorsolateral prefrontal interpersonal neural synchrony during successful human deceptive recommendations.

Communications biology·2026
Same journal

Neuro-regulator role of H<sub>2</sub>S in astrocyte activation and its effects on neurological damage and behavior of VPA-exposed rats.

Communications biology·2026
Same journal

Temporal orchestration of transcriptional and epigenomic programming underlying maternal embryonic diapause in a cricket model.

Communications biology·2026
関連記事をすべて見る

関連する実験動画

Updated: Feb 20, 2026

Sample Preparation to Bioinformatics Analysis of DNA Methylation: Association Strategy for Obesity and Related Trait Studies
14:56

Sample Preparation to Bioinformatics Analysis of DNA Methylation: Association Strategy for Obesity and Related Trait Studies

Published on: May 6, 2022

5.2K

細胞型デコンボリューションのためのDNAメチレーション基準パネルの最適化に関するガイドライン

Xiaolong Guo1, Andrew E Teschendorff2

  • 1Shanghai Institute of Nutrition and Health, University of Chinese Academy of Sciences, Chinese Academy of Sciences, 320 Yue Yang Road, Shanghai, 200031, China. guoxiaolong2022@sinh.ac.cn.

Communications biology
|February 18, 2026
PubMed
まとめ
この要約は機械生成です。

DNAメチル化参照パネルの最適化は,表遺伝子全域の関連研究における正確な細胞型解凍の鍵です. 効果サイズ最適化アプローチは機械学習を上回る,特に大人の血液パネルのための低メチル化マーカーを使用する場合です.

さらに関連する動画

In Vitro Selection of Engineered Transcriptional Repressors for Targeted Epigenetic Silencing
10:44

In Vitro Selection of Engineered Transcriptional Repressors for Targeted Epigenetic Silencing

Published on: May 5, 2023

2.0K
Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing for Assessment of DNA Methylation at Base Pair Resolution
13:47

Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing for Assessment of DNA Methylation at Base Pair Resolution

Published on: February 24, 2015

26.5K

関連する実験動画

Last Updated: Feb 20, 2026

Sample Preparation to Bioinformatics Analysis of DNA Methylation: Association Strategy for Obesity and Related Trait Studies
14:56

Sample Preparation to Bioinformatics Analysis of DNA Methylation: Association Strategy for Obesity and Related Trait Studies

Published on: May 6, 2022

5.2K
In Vitro Selection of Engineered Transcriptional Repressors for Targeted Epigenetic Silencing
10:44

In Vitro Selection of Engineered Transcriptional Repressors for Targeted Epigenetic Silencing

Published on: May 5, 2023

2.0K
Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing for Assessment of DNA Methylation at Base Pair Resolution
13:47

Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing for Assessment of DNA Methylation at Base Pair Resolution

Published on: February 24, 2015

26.5K

科学分野:

  • エピジェネティクス エピジェネティクス
  • バイオインフォマティックス
  • コンピュータ生物学 コンピュータ生物学

背景:

  • 正確な細胞型解凍は,エピゲノム・ワイド・アソシエーション・スタディ (EWAS) の解釈に不可欠である.
  • 細胞型分数の推定は,分類されたデータまたは単細胞データから得られたDNAメチル化 (DNAm) 参照パネルに依存する.
  • これらの参照パネルを構成する主な方法は,機械学習と効果サイズ/細胞タイプ特異性最適化です.

研究 の 目的:

  • DNAメチル化レファレンスパネルを構築するために,機械学習の性能と効果サイズ最適化の性能を比較する.
  • 改善された細胞型解体のためのDNAメチレーション参照パネルを構築するための最適な戦略を特定する.
  • 将来のDNAメチル化レファレンスパネル開発のためのガイドラインを提供すること.

主な方法:

  • 参照パネル構築の標準的な機械学習よりも,効果サイズとセルタイプ特異性最適化アプローチの優越性を実証しました.
  • 独立したデータセットでのパネルのパフォーマンスを評価し,小型化されたサンプルサイズによる機械学習のオーバーフィット問題を強調しました.
  • 大人の血液細胞のタイプについて,ハイポメチル化対ハイパーメチル化マーカーから作られたDNAメチル化レファレンスパネルを比較した.

主要な成果:

  • 効果サイズ最適化方法は,機械学習のアプローチと比較して優れた性能と過度のフィッティングの減少を示しました.
  • 細胞型特異的低メチル化マーカーを使用して構築されたDNAメチル化レファレンスパネルは,成人の血液中の細胞型分子の推定を改善しました.
  • 標準的な機械学習モデルは,限られた分類されたサンプルで訓練された場合,独立したデータに対して過度に適合し,過度のパフォーマンスを発揮する傾向がありました.

結論:

  • 効果サイズ最適化アプローチは,オーバーフィッティングに対する強度のため,DNAメチル化レファレンスパネルを構築する際に好ましい.
  • 大人の血液パネルにおける低メチル化マーカーの利用は,細胞型分数の推定の精度を高めます.
  • これらの発見は,より正確なDNAメチル化基準パネルを開発するための重要なガイドラインを提供し,EpiDISH Rパッケージに最適化されたパネル構築機能が含まれています.