長い間読まれたde novoトランスクリプトームアセンブリの包括的な評価

科学分野:

• ゲノミクスゲノミクスとは
• バイオインフォマティックス
• トランスクリプトミクス (Transcriptomics) とは

背景:

• ロングリードシーケンスによるDe novoトランスクリプトームアセンブリは,参照ゲノムを持たない非モデル生物にとって極めて重要です.
• 参照のないロングリードアセンブリと微分表現分析のための確立されたプロトコルがない.
• この研究は,長読アセンブリツールのベンチマークの必要性を扱っています.

研究 の 目的:

• 短読アセンブリ (Trinity) に対して,長読デノボトランスクリプトームアセンブリツール (RATTLE,RNA-Bloom2,isONform) のパフォーマンスを評価し,比較する.
• アセンブリ選択が差異的な遺伝子とトランスクリプト発現分析に与える影響を評価する.
• 参照フリーロングリードトランスクリプトーム分析のための最適な戦略を選択するためのガイドラインを提供すること.

主な方法:

• RATTLE,RNA-Bloom2,isONformの評価は,シミュレートされたデータセットと実際のデータセット (ヒト,ミツバチ) を使用しています.
• トリニティ (ショートリースアセンブリ) と様々なシーケンシング深さや技術 (ONT cDNA,ONTダイレクトRNA,PacBio) での比較.
• アセンブリメトリックの評価と下流の微分表現分析.

主要な成果:

• 長い読み込みは,参照フリーアセンブリでの短い読み込みよりも長いトランスクリプトを生成しますが,参照主導の方法は優れているままです.
• RNA-Bloom2とCorsetを組み合わせたRNA-Bloom2は,評価されたde novoパイプラインの中で優れた精度と計算効率を示しました.
• アセンブリ戦略は,差異的な遺伝子およびトランスクリプト発現検出に大きく影響します.

結論:

• RNA-Bloom2 with Corsetは,参照ゲノムが利用できない場合,参照フリーなde novoトランスクリプトーム組立と微分発現分析のために推奨されます.
• ロングリードシーケンシングはデノボアセンブリに利点があるが,精度と冗長性の削減のためにさらなる最適化が必要である.
• この研究は,非モデル生物で働く研究者に不可欠なガイドラインを提供します.