隔離のジャガイモ病に対する微生物群の反応を解読する:全長16S rRNA遺伝子プロファイリングと機能的予測による抑制と生物制御に関する最初の洞察

科学分野:

• マイクロバイオーム分析
• 植物病理学 植物病理学
• 生物学的コントロール

背景:

• *Synchytrium endobioticum*によって引き起こされるジャガイモのは,土壌の長期的な生存のために持続的な隔離問題です.
• 生物学的制御剤 (BCA) は,有望な持続可能な管理戦略です.
• ポテトワート病に関連した微生物群は,依然としてほとんど未調査のままです.

研究 の 目的:

• ポテトワルツの病気システムの微生物群を包括的に特徴づけるために.
• 潜在的生物学的制御剤 (BCA) を,と関連した微生物群内で特定する.
• 病気の圧力と管理の歴史に関連した微生物の生態学的文脈を理解する.

主な方法:

• 全長16S rRNA遺伝子ナノポールの配列が採用されました.
• サンプルには,バイオアッセイで育てられた,フィールドで採取された組織,病気のタラ土壌,長期にわたってのない土壌が含まれていました.
• 全ゲノム増幅 (WGA) は,機能的予測とネットワーク分析に加えて,低バイオマスサンプルに使用されました.

主要な成果:

• 微生物群の構造の有意な差異は,土壌分数,宿主遺伝子型,コンパートメント (と土壌) にわたって観察されました.
• の微生物群は,潜在的病原体抑制剤である*Pseudomonas trivialis*と*Bacillus atrophaeus*の強化を示した.
• 病気の土壌は,スケジュールを外した土壌と比較して,異なる微生物コミュニティと機能的経路 (例えば,キセノバイオティクスの分解,キチンの代謝) を表した.

結論:

• この研究は,ポテトワートシステムの最初の微生物群の特徴付けを提供し,潜在的なBCAを特定します.
• 病気の圧力と土壌管理の歴史の影響を受けた生物制御貯水池のグラデントが存在します.
• この発見は,S.endobioticum*管理のためのBCAの標的型分離と検証の出発点となる.