公開されているシーケンシングデータの"目に見えない"Phytophthoraの系統を検出する

科学分野:

• 微生物学 微生物学とは
• ゲノミクスゲノミクスとは
• バイオインフォマティクス

背景:

• 培養とDNA増幅の方法はバイアスを生み出し,微生物の真核生物多様性についての理解を制限します.
• 多くの微生物の系統は,微生物の系統である.
• 目に見えない目に見えない目に見えない目に見えない
• 普遍的なメタバーコーディングのための培養またはプライマーの開発における課題のためです.

研究 の 目的:

• ゲノムおよびメタゲノムデータから内部トランスクリブされたスペーサー (ITS) 配列をターゲットにアセンブリするための新しいパイプラインを導入します.
• 既存のソフトウェアと比較して,微生物配列アセンブリの感度と精度を高めます.
• 植物病原体属Phytophthoraのパブリックシーケンシングデータセットをスクリーン化し,新しい微生物エウカリオットを発見します.

主な方法:

• ゲノムとメタゲノムからITS配列をターゲットに組み立てるための新しいパイプライン (denim) を開発しました.
• ユーカリオットITSの配列を特定し,組み立てるために, 104の公開配列データセットを分析しました.
• Phytophthora属および他の微生物系統のためのスクリーニングされたデータセット.

主要な成果:

• 733の完全なITS,1626のITS1,そして2191のITS2の配列を様々な真核系系から成功裏に組み立てました.
• 既知の種からITS配列を組み立て,遠くに関連している分類を特定しました.
• 農業と健康への影響を持つ新たな病原体-宿主相互作用の可能性を検出しました.

結論:

• 新しいパイプラインは,効果的に発見し,検出します.
• 目に見えない目に見えない目に見えない目に見えない
• 微生物は,既知の微生物の真核生物の多様性を拡大します.
• 新しい宿主-微生物の相互作用の検出とモニタリング,微生物の地理的分布の特徴づけを可能にします.
• 植物病原体とその相互作用を特定することによって,農業および健康関連の研究に貴重なツールを提供します.