Marchantia polymorphaの孤立したアンセリジアを用いたクロマチンの免疫プレシピテーションのためのプロトコル

科学分野:

• 植物分子生物学 植物分子生物学
• エピジェネティクス エピジェネティクス
• ゲノミクスゲノミクスとは

背景:

• 染色体免疫降水 (ChIP) は,タンパク質とDNAの相互作用をゲノム全体でマッピングするために不可欠です.
• 転写因子 (TF) とヒストンの改変は,遺伝子発現の重要な調節因子である.
• モデル生物は,分子生物学技術の開発と検証を容易にする.

研究 の 目的:

• モデル bryophyte Marchantia polymorpha.に強力なクロマチン免疫降水 (ChIP) プロトコルを確立する.
• 転写因子結合部位と,M. polymorpha.の表遺伝的変化の研究を可能にするために.
• ChIPベースの技術を他のDNA結合タンパク質および組織に適用するための基礎を提供すること.

主な方法:

• M. polymorpha antheridia.を採取するための詳細なプロトコル.
• ステップ・バイ・ステップクロマチン免疫降水 (ChIP) 手順.
• ChIPを用いた転写因子 (TF) の結合部位の検証,次に定量PCR (ChIP-qPCR) を行う.

主要な成果:

• Marchantia polymorpha.でChIPプロトコルを実装した.
• ChIP-qPCRを用いたTFバインディングサイト識別の実証.
• このプロトコルは,様々なTFおよびDNA結合タンパク質に適応できます.

結論:

• 提出されたChIPプロトコルは,M. polymorpha.で全ゲノムにわたるタンパク質-DNA相互作用の調査に有効です.
• この方法論は,ブリオファイットの機能的ゲノム研究をサポートしています.
• このプロトコルは,植物エピジェネティクスと転写因子研究におけるより広範な応用のために修正することができます.