mViSE:複数のIHC脳組織画像 (空間プロテオミクス) を分析するための視覚検索エンジン

科学分野:

• 神経科学は神経科学である.
• コンピュータ生物学 コンピュータ生物学
• バイオテクノロジー バイオテクノロジー

背景:

• 脳組織の全スライド空間プロテオミクスの画像は大きく複雑で,分析的な課題を伴う.
• 現在の方法は,しばしばプログラミングの専門知識を必要とし,包括的な分析能力が欠けている.

研究 の 目的:

• マルチプレックス空間プロテオミックスのデータのプログラミングフリー分析のためのインタラクティブな視覚検索エンジンであるmVISEを導入します.
• 脳組織内の細胞コミュニティと多細胞ニッチのクエリ駆動の検索とプロファイリングを可能にします.

主な方法:

• 細胞形態学,ケモアーキテクチャ,シトアーキテクチャ,ミエロアーキテクチャで訓練されたマルチプレックスエンコーダーを開発し,人間による注釈なし.
• 基礎モデルの限界を克服するために,イメージングチャネル全体に統合された視覚的ヒント.
• 専門的な検索機能のための複数のエンコーダーを組み合わせた.

主要な成果:

• 単細胞,細胞ペア,および組織パッチを回収するための検証されたmVISE.
• 皮質層,脳領域,およびサブ領域の正確な境界線が示されました.
• 複雑な空間プロテオミクスのデータに関するプログラミングフリーでクエリ主導の分析を披露した.

結論:

• mVISEは,大規模な空間プロテオミクスのデータセットを分析するための有効でアクセシブルな代替手段を提供します.
• このツールは,探索分析,比較プロファイリング,脳構造の描写を容易にする.
• mVISEはオープンソースのQuPathプラグインとして利用可能であり,神経科学研究におけるより広範な採用を促進しています.