3D病理組織処理ワークフローが下流の分子解析に及ぼす影響の評価

科学分野:

• 生物医学イメージング
• 病理学
• 分子生物学

背景:

• 標準的な2D組織病理学は、組織サンプリングと形態学的コンテキストを制限します。
• 非破壊的な3D病理学は、将来の解析のための体積データとサンプル保存を提供します。
• 下流のアッセイのための生体分子に対する3D病理学の影響はよく理解されていません。

研究 の 目的:

• DNA、RNA、およびタンパク質の完全性に対する3D病理学プロトコルの影響を評価すること。
• 3D病理学処理組織と下流の分子アッセイとの適合性を評価すること。
• 3D病理学を分子解析と組み合わせることができるかどうかを判断すること。

主な方法:

• FFPEがん検体に3D病理学プロトコル（脱パラフィン化、染色、光学クリアリング、ライトシート顕微鏡）を適用しました。
• 組織を再埋め込みし、未処理の対照と比較しました。
• DNA/RNA抽出、品質評価、PCR、RT-qPCR、サンガーシーケンシング、RNAシーケンシング、およびIHCを実施しました。

主要な成果:

• DNA/RNAの収量はわずかに減少し、断片化が増加しましたが、増幅能は大部分維持されました。
• サンガーシーケンシングは正確なDNA配列を確認し、RNAシーケンシングは大部分変化のない転写プロファイルを示しました。
• 一般的なバイオマーカーに対する免疫組織化学（IHC）染色で同等の結果が得られ、良好なタンパク質保存が示唆されました。

結論:

• 3D病理学ワークフローは、DNA、RNA、およびタンパク質の完全性に最小限の影響しか与えません。
• 3D病理学は、シーケンシングおよびIHCを含む下流の分子解析と互換性があります。
• この研究は、包括的ながん解析のための3D病理学と分子アプリケーションの統合の実現可能性を示しています。