VIPerturb-seq：ゲノムワイドなCRISPRスクリーニングとシングルセルシーケンシングのためのスケーラブルなプラットフォーム

科学分野:

• ゲノミクス
• 分子生物学
• バイオインフォマティクス

背景:

• シングルセルシーケンシング（Perturb-seq）と組み合わせたCRISPRスクリーニングは、遺伝子摂動を分子表現型にマッピングします。
• 現在のPerturb-seq法は、ゲノムワイドスクリーニングにおいてコストとスループットの制限に直面しています。

研究 の 目的:

• 日常的で費用対効果の高いゲノムワイドPerturb-seqのためのプラットフォームであるVIPerturb-seqを紹介します。
• 大規模な遺伝子スクリーニングのスケーラビリティと効率を向上させます。

主な方法:

• 固定細胞におけるゲノムワイドCRISPRライブラリを検出するためのスプリットプローブ戦略を開発しました。
• 非常に重要な摂動（VIP）のためのオプションの表現型濃縮を統合しました。
• Perturb-seqスループットを50倍増加させるための組み合わせインデックス作成を可能にしました。

主要な成果:

• ゲノムワイドCRISPRiライブラリ（GuEST-List）を使用したVIPerturb-seqを実証しました。
• 偏りのないゲノムワイドスクリーニングと表現型で濃縮されたゲノムワイドスクリーニングの両方を正常に実施しました。
• VIPerturb-seqプラットフォームの感度、スケーラビリティ、および効率を検証しました。

結論:

• VIPerturb-seqは、日常的なゲノムワイドPerturb-seq実験を容易にします。
• このプラットフォームは、ターゲット研究と仮想細胞構築のための大規模なデータ生成の両方をサポートします。
• VIPerturb-seqは、包括的な遺伝子摂動分析の能力を大幅に向上させます。