膜カイモグラフジェネレーター：動的な細胞境界に沿ったカイモグラフの自動生成と解析のためのクロスプラットフォームGUIソフトウェア

科学分野:

• 細胞生物学
• 生物物理学
• ソフトウェア開発

背景:

• 細胞膜と細胞皮質は、細胞シグナル伝達と細胞骨格機能に不可欠です。
• ライブセルにおける膜関連タンパク質と脂質の動態の追跡は、細胞の移動と変形のために困難です。

研究 の 目的:

• ライブセルイメージングデータからカイモグラフを自動生成するための、使いやすいクロスプラットフォームソフトウェアを開発すること。
• 膜タンパク質と脂質の速度論を経時的に追跡する精度を簡素化および向上させること。

主な方法:

• 境界整列のための回転オフセット最小化アルゴリズムを備えた膜カイモグラフジェネレーターソフトウェアを開発しました。
• 自動化された境界追跡、フレーム間整列、および強度サンプリング。
• ユーザーインタラクションとバッチ処理のためにグラフィカルユーザーインターフェイス（GUI）とPython APIを実装しました。

主要な成果:

• このソフトウェアは、膜タンパク質とバイオセンサーの時空間的動態を正確に追跡および視覚化します。
• ディクチオステリウム、好中球、マクロファージ、がん細胞を含むさまざまな細胞タイプで検証されました。
• カイモグラフ生成と解析の手動作業と時間を大幅に削減し、精度と再現性を保証します。

結論:

• 膜カイモグラフジェネレーターは、ライブセルイメージングにおける膜動態の解析に効率的かつ正確なソリューションを提供します。
• このソフトウェアは、さまざまな技術的専門知識を持つユーザーが利用できます。
• APIと組み込みツールを通じて、高度な下流解析を容易にします。