Jove
Visualize
お問い合わせ
JoVE
x logofacebook logolinkedin logoyoutube logo
JoVEについて
概要リーダーシップブログJoVEヘルプセンター
著者向け
出版プロセス編集委員会範囲と方針査読よくある質問投稿
図書館員向け
推薦の声購読アクセスリソース図書館諮問委員会よくある質問
研究
JoVE JournalMethods CollectionsJoVE Encyclopedia of Experimentsアーカイブ
教育
JoVE CoreJoVE BusinessJoVE Science EducationJoVE Lab Manual教員リソースセンター教員サイト
利用規約
プライバシーポリシー
ポリシー

関連する概念動画

Predicting Molecular Geometry02:27

Predicting Molecular Geometry

46.4K
VSEPR Theory for Determination of Electron Pair Geometries
46.4K
Molecular Models02:00

Molecular Models

44.2K
Physical models representing molecular architectures of chemical compounds play essential roles in understanding chemistry. The use of molecular models makes it easier to visualize the structures and shapes of atoms and molecules.
44.2K
Conserved Binding Sites01:49

Conserved Binding Sites

5.2K
Many proteins’ biological role depends on their interactions with their ligands, small molecules that bind to specific locations on the protein known as ligand-binding sites. Ligand-binding sites are often conserved among homologous proteins as these sites are critical for protein function.
Binding sites are often located in large pockets, and if their location on a protein’s surface is unknown, it can be predicted using various approaches. The energetic method computationally...
5.2K
Mechanistic Models: Compartment Models in Algorithms for Numerical Problem Solving01:29

Mechanistic Models: Compartment Models in Algorithms for Numerical Problem Solving

370
Mechanistic models play a crucial role in algorithms for numerical problem-solving, particularly in nonlinear mixed effects modeling (NMEM). These models aim to minimize specific objective functions by evaluating various parameter estimates, leading to the development of systematic algorithms. In some cases, linearization techniques approximate the model using linear equations.
In individual population analyses, different algorithms are employed, such as Cauchy's method, which uses a...
370
Molecular Shapes01:18

Molecular Shapes

62.8K
Molecules have characteristic shapes that are crucial for their function. The arrangement of various electron groups around the central atom dictates their molecular geometry. Electron pairs in the valence shell of a central atom will adopt an arrangement that minimizes repulsions between the electron pairs by maximizing the distance between them. The valence electrons form either bonding pairs, located primarily between bonded atoms, or lone pairs.
Two regions of electron density in a diatomic...
62.8K

こちらも読む

関連記事

共著者、ジャーナル、引用グラフによってこの研究に関連する記事。

並び替え
Same author

A chameleon-like core-shell organic/lanthanide flexible crystal waveguide for bandwidth and colour tunability.

Chemical science·2026
Same author

Geometric Guidance Integrated with Directed Electrostatics Strategy within a Graph Neural Network Approach for Nanocluster Structure Prediction.

The journal of physical chemistry. A·2025
Same author

Directed Electrostatics Strategy Integrated as a Graph Neural Network Approach for Accelerated Cluster Structure Prediction.

Journal of chemical theory and computation·2025
Same author

Cascading Effect of Large Molecular Motion in Crystals: A Topotactic Polymorphic Transition Paves the Way to Topochemical Polymerization.

Journal of the American Chemical Society·2023
Same author

Fragment-Based Approaches for Supramolecular Interaction Energies: Applications to Foldamers and Their Complexes with Anions.

Journal of chemical theory and computation·2018

関連する実験動画

Updated: Feb 26, 2026

Computation of Atmospheric Concentrations of Molecular Clusters from ab initio Thermochemistry
12:11

Computation of Atmospheric Concentrations of Molecular Clusters from ab initio Thermochemistry

Published on: April 8, 2020

8.8K

分子クラスター構造予測のための機械学習支援型ローカル・トゥ・グローバル最適化戦略

Gunjan R Ramteke1, K V Jovan Jose1

  • 1Advanced Artificial Intelligence Theoretical and Computational Chemistry Laboratory, School of Chemistry, University of Hyderabad, Hyderabad, Telangana 500046, India.

Journal of chemical information and modeling
|February 24, 2026
PubMed
まとめ

我々は、安定な分子クラスター構造を予測するための機械学習戦略であるLOGOSを開発しました。この手法は、より小さな構造からのパターン学習により、エネルギー的に有利なクラスターの発見を加速します。

キーワード:
機械学習分子クラスター構造予測深層学習最適化

さらに関連する動画

Protein WISDOM: A Workbench for In silico De novo Design of BioMolecules
10:58

Protein WISDOM: A Workbench for In silico De novo Design of BioMolecules

Published on: July 25, 2013

17.7K
A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction
16:41

A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction

Published on: November 3, 2011

70.0K

関連する実験動画

Last Updated: Feb 26, 2026

Computation of Atmospheric Concentrations of Molecular Clusters from ab initio Thermochemistry
12:11

Computation of Atmospheric Concentrations of Molecular Clusters from ab initio Thermochemistry

Published on: April 8, 2020

8.8K
Protein WISDOM: A Workbench for In silico De novo Design of BioMolecules
10:58

Protein WISDOM: A Workbench for In silico De novo Design of BioMolecules

Published on: July 25, 2013

17.7K
A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction
16:41

A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction

Published on: November 3, 2011

70.0K

科学分野:

  • 計算化学
  • 材料科学
  • 化学物理学

背景:

  • 安定な分子クラスター構造の予測は計算集約的です。
  • 分子クラスターの理解は、様々な化学的および物理的プロセスにとって重要です。

研究 の 目的:

  • 効率的な安定分子クラスター構造予測のための機械学習支援戦略LOGOSを提示すること。
  • 大きな分子クラスターの構造探索と予測を加速すること。

主な方法:

  • 深層学習を用いたローカル・トゥ・グローバル最適化戦略(LOGOS)を開発しました。
  • 局所的なパターンを特定し、クラスター構築のための結合サイトを予測しました。
  • 分子静電ポテンシャル(MESP)トポグラフィー特徴空間で幾何学的に最適化された子構造を生成しました。

主要な成果:

  • LOGOSをベンチマークとして、(CO2)n(n < 30)の基底状態クラスターを構築しました。
  • 結果は、文献の最小エネルギー構造によってよく裏付けられました。
  • 計算コストを最小限に抑えて、子クラスターの効率的な予測を実証しました。

結論:

  • LOGOSは、大きな分子クラスター構造の予測を加速します。
  • エネルギー的に有利なクラスターを特定するための実用的で階層的なソリューションを提供します。
  • 深層学習を活用して複雑なパターンを理解し、構造を効率的に予測します。