Jove
Visualize
お問い合わせ
JoVE
x logofacebook logolinkedin logoyoutube logo
JoVEについて
概要リーダーシップブログJoVEヘルプセンター
著者向け
出版プロセス編集委員会範囲と方針査読よくある質問投稿
図書館員向け
推薦の声購読アクセスリソース図書館諮問委員会よくある質問
研究
JoVE JournalMethods CollectionsJoVE Encyclopedia of Experimentsアーカイブ
教育
JoVE CoreJoVE BusinessJoVE Science EducationJoVE Lab Manual教員リソースセンター教員サイト
利用規約
プライバシーポリシー
ポリシー

関連する概念動画

Optimal Foraging00:48

Optimal Foraging

14.1K
How animals obtain and eat their food is called foraging behavior. Foraging can include searching for plants and hunting for prey and depends on the species and environment.
14.1K
Accelerating Fluids01:17

Accelerating Fluids

2.3K
When a fluid is in constant acceleration, the pressure and buoyant force equations are modified. Suppose a beaker is placed in an elevator accelerating upward with a constant acceleration, a. In the beaker, assume there is a thin cylinder of height h with an infinitesimal cross-sectional area, ΔS.
The motion of the liquid within this infinitesimal cylinder is considered to obtain the pressure difference. Three vertical forces act on this liquid:
2.3K
Column Efficiency: Plate Theory01:10

Column Efficiency: Plate Theory

2.2K
Band broadening in a chromatography column is measured by its efficiency. This is determined by the number of theoretical plates (N). Theoretical plate theory states that a separation column consists of a continuous series of imaginary plates where solute equilibration occurs between stationary and mobile phases.
A higher number of theoretical plates signifies better column efficiency and improved separation capabilities. Plate height affects bandwidth and separation quality; it is inversely...
2.2K

こちらも読む

関連記事

共著者、ジャーナル、引用グラフによってこの研究に関連する記事。

並び替え
Same author

Using molecular dynamics to investigate the energetics and kinetics of graphene fold growth.

Journal of physics. Condensed matter : an Institute of Physics journal·2026
Same author

Allosteric network of dynamic coupling within BAP1-UCH revealed by methyl NMR.

Nature communications·2026
Same author

From possibility to precision in macromolecular ensemble prediction.

Nature methods·2026
Same author

Exploring Secondary Structure Predictions for RNA-Targeted Drug Discovery: Power and Challenges.

Journal of chemical information and modeling·2026
Same author

pH-dependent allosteric remodeling of a bacterial riboswitch couples alkaline activation to metal sensing.

bioRxiv : the preprint server for biology·2026
Same author

dynsight: An open Python platform for simulation and experimental trajectory data analysis.

The Journal of chemical physics·2026
Same journal

Ferroelectricity in Dipolar Liquids: The Role of Annealed Positional Disorder.

The journal of physical chemistry. B·2026
Same journal

Computational Insights into the Antiviral Properties of the Antimicrobial Peptide β-Amyloid.

The journal of physical chemistry. B·2026
Same journal

Prediction of Viscosity and Film Thickness for Laser Cutting Protective Fluid Based on Physics-Enhanced Machine Learning.

The journal of physical chemistry. B·2026
Same journal

Coupled Binding and Folding of NS2B/NS3 Protease and Linker Effects Revealed by Topology-Based Modeling.

The journal of physical chemistry. B·2026
Same journal

<i>cis</i>-<i>trans</i> Geometrical Isomerism in Dioleoylphosphatidylcholine Governs Liposome Elasticity and siRNA Delivery Efficiency to MCF-7 Cells.

The journal of physical chemistry. B·2026
Same journal

Self-Templated HPEI Nanoreactors: Cross-Linking-Directed In Situ Growth of Gold Nanoparticles in Reusable Polymer-Metal Catalytic Films.

The journal of physical chemistry. B·2026
関連記事をすべて見る

関連する実験動画

Updated: Feb 26, 2026

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila
06:18

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

Published on: February 13, 2014

12.7K

PLUMEDの活用：パフォーマンス最適化チュートリアル

Daniele Rapetti1, Massimiliano Bonomi2, Carlo Camilloni3

  • 1Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati (SISSA), Via Bonomea 265, Trieste 34136, Italy.

The journal of physical chemistry. B
|February 24, 2026
PubMed
まとめ
この要約は機械生成です。

このチュートリアルでは、分子動力学シミュレーション用のオープンソースパッケージであるPLUMEDのパフォーマンス測定ツールを紹介します。複雑な計算の最適化戦略を実証し、計算効率を向上させます。

キーワード:
PLUMED分子動力学パフォーマンス最適化計算効率チュートリアル

さらに関連する動画

Visually Mediated Odor Tracking During Flight in Drosophila
08:50

Visually Mediated Odor Tracking During Flight in Drosophila

Published on: January 26, 2009

10.4K
Operant Learning of Drosophila at the Torque Meter
17:31

Operant Learning of Drosophila at the Torque Meter

Published on: June 16, 2008

14.0K

関連する実験動画

Last Updated: Feb 26, 2026

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila
06:18

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

Published on: February 13, 2014

12.7K
Visually Mediated Odor Tracking During Flight in Drosophila
08:50

Visually Mediated Odor Tracking During Flight in Drosophila

Published on: January 26, 2009

10.4K
Operant Learning of Drosophila at the Torque Meter
17:31

Operant Learning of Drosophila at the Torque Meter

Published on: June 16, 2008

14.0K

科学分野:

  • 計算化学
  • 分子動力学シミュレーション
  • バイオインフォマティクス

背景:

  • PLUMEDは、分子動力学（MD）シミュレーションで広く使用されているオープンソースパッケージです。
  • PLUMEDにおける記述子の複雑化は、パフォーマンスの最適化を必要とします。
  • 複雑な記述子の既存の計算コストは相当な場合があります。

研究 の 目的:

  • PLUMEDコードのパフォーマンスを確実に測定するための新しいツールを導入すること。
  • PLUMED計算の最適化のための詳細なパフォーマンスベンチマークを提供すること。
  • より広範なユーザー採用のためのアルゴリズム最適化を説明すること。

主な方法:

  • PLUMED内でのパフォーマンス測定ツールの実装。
  • さまざまなPLUMED計算のパフォーマンスベンチマークの生成。
  • ベクトルベース操作とスカラーベース操作の比較による計算戦略の分析。

主要な成果:

  • ベクトルコマンドを使用した大規模計算（距離、角度、ねじれ）の最適化を実証しました。
  • 原子順序パラメータと二次構造変数の最適化のためのベンチマークを発表しました。
  • 特定のアルゴリズム技術によるパフォーマンスの向上を定量化しました。

結論:

  • 新しいパフォーマンスツールにより、コードの信頼性の高い測定が可能になります。
  • ベクトルベースのコマンドは、特定の計算に対して大幅な最適化を提供します。
  • アルゴリズムのトリックを理解し適用することで、複雑なシミュレーションのPLUMEDの計算効率を向上させることができます。