ベトナムにおける行方不明者の特定のためのSNPシーケンシングワークフローの比較評価

科学分野:

• 法科学
• 遺伝学
• 分子生物学

背景:

• ベトナム紛争由来の数十万の遺骨が未特定である。
• DNAの断片化、微生物汚染、および遠縁の親族からの参照サンプルの利用への依存により、DNA特定が妨げられている。
• ミトコンドリアDNAは、大規模な特定のための識別力が不足しており、標準的なSTRプロファイリングは断片化したサンプルには適用できない。

研究 の 目的:

• 高度に断片化したベトナムの遺骨を特定するための3つのターゲットSNPシーケンシングワークフローを直接比較する。
• 異なるライブラリ調製法（QIAseqおよびハイブリダイゼーションキャプチャー）を用いたSNPパネル（MPSplexおよびFORCE）のパフォーマンスを評価する。

主な方法:

• 身元不明のベトナム人遺骨15体から採取したサンプルを、MPSplex-QIAseq、FORCE-QIAseq、FORCE-Captureの3つのワークフローを用いて処理した。
• 理論上の特定能力とワークフローパフォーマンスを推定するために、シミュレートされた家族参照遺伝子型を使用した。
• 数千のSNPをターゲットとした次世代シーケンシング（MPS）を採用した。

主要な成果:

• 3つのワークフローすべてで、4親等以内の親族まで特定をサポートする理論上のSNPプロファイルが得られた。
• FORCE-Captureワークフローは、SNP回収率と理論上の特定能力において最も高いパフォーマンスを示した。
• MPSplex-QIAseqはFORCE-Captureと同等のSNP回収率を示したが、FORCEパネルのより大きなSNPターゲットが有利であることが証明された。

結論:

• ターゲットSNPシーケンシングと最適化されたライブラリ調製を組み合わせることは、ベトナムで行方不明者を特定するための実行可能な戦略である。
• FORCE-Captureワークフローは、断片化したベトナムの遺骨を特定するために優れたパフォーマンスを示した。
• SNPシーケンシング技術の進歩は、過去の紛争による未特定遺骨の問題に対処するために不可欠である。