GIST進行におけるC3およびCFDの予後予測的意義のある調節因子の特定：WGCNA、機械学習、および検証による系統的スクリーニング

科学分野:

• 腫瘍学
• ゲノミクス
• 分子生物学

背景:

• 消化管間質腫瘍（GIST）は、最も一般的な消化管間葉系腫瘍です。
• GISTの分子生物学的理解は限定的であり、精密な診断と標的療法の妨げとなっています。

研究 の 目的:

• マルチオミクス統合と実験的検証を用いた、GIST関連の主要遺伝子の系統的な同定。
• GISTのための新規診断バイオマーカーおよび治療標的の確立。

主な方法:

• バッチ効果補正（SVA）を用いた3つのGISTトランスクリプトームデータセットの解析。
• limmaを用いた差次的発現遺伝子（DEG）の同定。
• WGCNA、ランダムフォレスト、LASSO回帰を用いた主要遺伝子（C3、CFD）の優先順位付け。
• 機能アッセイおよび免疫浸潤解析（CIBERSORT、ssGSEA/GSEA）を含む実験的検証。

主要な成果:

• 61のDEGを特定し、高い診断性能（AUC 0.928および0.955）を持つC3および補体因子D（CFD）を優先しました。
• GIST組織におけるC3/CFDの下方制御を確認し、進行期および予後不良と関連していました。
• GIST細胞の増殖、コロニー形成、および移動を阻害するC3/CFDの腫瘍抑制的役割を実証しました。
• C3/CFDと、変化した免疫浸潤および代謝経路（脂質代謝、酸化的リン酸化）との関連を明らかにしました。

結論:

• C3およびCFDは、GISTにおける重要な腫瘍抑制性バイオマーカーです。
• これらの遺伝子は免疫応答を調節し、腫瘍代謝を再プログラムします。
• C3およびCFDは、GISTの診断と標的療法の有望な道筋を提供します。