Single-cell ultra-high-throughput multiplexed chromatin accessibility and gene expression sequencing (SUM-seq)

科学分野:

• ゲノミクス
• 分子生物学
• 単核分析

背景:

• 単核エピゲノムおよびトランスクリプトームプロファイリングは、遺伝子調節ネットワークと細胞の不均一性を理解するために重要です。
• 既存のマルチモーダル単核アッセイは、スループットと多重化機能に制限があります。

研究 の 目的:

• 単核のクロマチンアクセシビリティと遺伝子発現の同時プロファイリングのための、スケーラブルで費用対効果の高いアッセイであるSUM-seqを紹介します。
• 高スループットで多重化されたマルチオミクス単核ライブラリ調製を可能にします。

主な方法:

• SUM-seqは、in situでのアクセス可能なDNAとmRNAのバーコーディングと、ドロップレットベースのマイクロ流体技術を組み合わせています。
• このアッセイにより、サンプル多重化と多核ドロップレットの分解が可能になります。
• 同じ細胞からのクロマチンアクセシビリティと遺伝子発現の同時プロファイリングを可能にします。

主要な成果:

• SUM-seqは、既存の方法と比較して、スループットと多重化容量を大幅に向上させます。
• このアッセイにより、大規模プロジェクト、時間経過実験、および摂動スクリーニングのためのサンプルと核のサブスタンスをスケーリングできます。
• 大規模なマルチオミクス単核分析に関連するコストを削減します。

結論:

• SUM-seqは、マルチオミクス単核分析のための強力でスケーラブルなソリューションを提供します。
• このアッセイは、細胞の不均一性と調節ランドスケープの費用対効果の高い高スループット特性評価を促進します。
• 実装をサポートするために、実験デザイン、サンプルハンドリング、およびデータ処理に関するガイドラインが提供されます。