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RNA-seq03:21

RNA-seq

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RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while...
12.2K
Ribosome Profiling02:24

Ribosome Profiling

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Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
Applications of ribosome profiling
Ribosome profiling has many applications, including in vivo monitoring of translation inside a particular organ or tissue type and quantifying new protein synthesis levels.
The technique...
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isoespy: アイソフォーム分解能と可視化のための統合型ロングリードトランスクリプトームワークフロー

Ko Ikemoto1, Akihiro Fujimoto1

  • 1Department of Human Genetics, Graduate School of Medicine, The University of Tokyo, Tokyo 113-0033, Japan.

Bioinformatics advances
|February 27, 2026
PubMed
まとめ

ロングリードRNAシーケンシングは複雑なトランスクリプトームを明らかにする。新しいisoespyパイプラインは、アイソフォーム構造、発現、機能を統合し、タンパク質の多様性を理解するための肝細胞がんの解析を支援する。

キーワード:
isoespyロングリードRNAシーケンシングトランスクリプトームアイソフォーム分解能バイオインフォマティクス肝細胞がん

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648

科学分野:

  • ゲノミクス
  • バイオインフォマティクス
  • 分子生物学

背景:

  • ロングリードRNAシーケンシング（RNA-seq）は、トランスクリプトームの多様性に関する深い洞察を提供する。
  • 個々のRNAアイソフォームの機能的役割を理解することは、依然として課題である。

研究 の 目的:

  • 新しいバイオインフォマティクスパイプラインであるisoespyを紹介する。
  • ロングリードRNA-seqデータに対して、アイソフォーム構造、差次的発現、および機能的注釈を統合する。

主な方法:

  • isoespyは、オープンリーディングフレーム予測因子を統合する。
  • アイソフォームの発現レベルと遺伝子モデルを並置する。
  • このパイプラインは、ユーザー提供の位置的および非位置的特徴を可視化する。

主要な成果:

  • 肝細胞がんデータへの適用により、アイソフォームの使用率の違いが明らかになった。
  • 解析により、予測されるタンパク質機能の違いが特定された。
  • isoespyは、トランスクリプトームの複雑さの解釈を容易にする。

結論:

  • isoespyは、トランスクリプトームデータのための統合された構造的および機能的可視化を提供する。
  • このパイプラインは、アイソフォームレベルの機能的多様性の理解を支援する。
  • このツールは、ロングリードRNA-seqからの複雑なトランスクリプトームの解析を強化する。