ヒト多能性幹細胞におけるレトロトランスポゾン効率的CRISPRi媒介サイレンシングのプロトコル
Anita Adami1, Raquel Garza1, Fereshteh Dorazehi2
1Department of Experimental Medical Science, Wallenberg Neuroscience Center and Lund Stem Cell Center, BMC A11, Lund University, 221 84 Lund, Sweden; Aligning Science Across Parkinson's (ASAP) Collaborative Research Network, Chevy Chase, MD 20815, USA.
STAR protocols
|February 27, 2026
まとめ
本研究では、CRISPRiを用いてヒトiPS細胞（hiPSC）のトランスポゾン因子をサイレンシングするワークフローを導入する。この手法は、マルチオーム解析による大規模サイレンシングを検証し、機能的研究を最適化する。
科学分野:
- 幹細胞生物学
- エピジェネティクス
- 分子生物学
背景:
- トランスポゾン因子（TE）は移動可能な遺伝配列である。
- 制御されないTE活性は、ゲノム安定性と細胞機能に影響を与える可能性がある。
- 発生および疾患研究において、ヒトiPS細胞（hiPSC）におけるTE調節を理解することは極めて重要である。
研究 の 目的:
- hiPSCにおけるTEの転写サイレンシングのための堅牢なワークフローを確立すること。
- CRISPRiベースのTEサイレンシング戦略の設計と検証のためのフレームワークを提供すること。
- インビトロ機能研究のためのTE転写の精密な操作を可能にすること。
主な方法:
- 特定のTEファミリーまたはロカスを標的とするガイドRNA（gRNA）の設計。
- 大規模転写サイレンシングのためのCRISPR干渉（CRISPRi）。
- 検証のためのマルチオームアプローチ：バルクRNAシーケンシング、CUT&RUNエピジェネティックプロファイリング、およびプロテオミクス。
主要な成果:
- TEの効率的かつ特異的な転写サイレンシングを実証した。
- hiPSCにおけるCRISPRiアプローチの有効性を検証した。
- サイレンシングを確認し、オフターゲット効果を評価するためにマルチオームデータを統合した。
結論:
- 提示されたワークフローは、hiPSCにおけるTE転写サイレンシングのための信頼性の高い方法を提供する。
- このアプローチは、ヒト幹細胞モデルにおけるTE機能の研究を強化する。
- 最適化されたプロトコルは、TE操作を含む機能研究の正確な解釈を容易にする。
