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エシェリキヤ大腸菌K-12の完全なゲノム配列

F R Blattner¹, G Plunkett, C A Bloch

¹Laboratory of Genetics, University of Wisconsin-Madison, 445 Henry Mall, Madison, WI 53706, USA. ecoli@genetics.wisc.edu

Science (New York, N.Y.)

|September 5, 1997

まとめ

Escherichia coli K-12 ゲノム配列は,広範な遺伝子ファミリーと複製関連組織を明らかにしています. このバクテリアのゲノムは,水平遺伝子の移転により可塑性を発揮し,多くの遺伝子は既知の機能が欠けている.

科学分野:

微生物学微生物学とは
ゲノミクスゲノミクスとは
バイオインフォマティックス

背景:

Escherichia coli K-12の完全なゲノム配列は,微生物の研究のための基本的なリソースを提供します.
遺伝子の内容と組織を理解することは,細菌生物学の解読に不可欠です.

研究の目的:

Escherichia coli K-12の完全なゲノム配列を提示するために.
遺伝子ファミリー,ゲノム組織を分析し,水平遺伝子転送を示す特徴を特定する.

主な方法:

全ゲノムシーケンシングとアセンブリ.
アノテーションされた遺伝子とタンパク質ファミリーのバイオ情報分析.
他の微生物種との比較ゲノミクス.

主要な成果:

Escherichia coli K-12のゲノムは4,639,221の塩基対を構成し,4288のタンパク質をコードする遺伝子を含んでいるが,そのうち38%は特徴づけられていない.
80のABCトランスポーターの大きな家族を含む,どこにでも存在し,狭く分布する遺伝子ファミリーを特定しました.
複製の方向に偏ったゲノム全体の組織が観察され,特定のヌクレオチドおよび遺伝子指向があります.
挿入配列の要素,ファグの残骸,並外れた組成のパッチが検出され,水平遺伝子転送が示唆されています.

結論:

Escherichia coli K-12のゲノムは,構造的な組織と可塑性を有意に示しています.
その遺伝子のかなりの部分は,機能的に注釈されていないまま,将来の研究分野を強調しています.
横断的な遺伝子転送の証拠は,細菌のゲノムのダイナミックな性質に貢献します.

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