通过与氨酸结合的酶选择性DNA线程动力学.
B Onfelt1, P Lincoln, B Nordén
1Department of Physical Chemistry, Chalmers University of Technology, S-412 96 Gothenburg, Sweden.
Journal of the American Chemical Society
|July 18, 2001
概括
状双间隔器显示出不同的DNA结合动态. 虽然这两种酶体都强烈地结合了DNA,但它们的解离率和盐的依赖性有很大差异,这表明了复杂的结构变化.
科学领域:
- 协调化学 协调化学
- 生物物理化学 生物物理化学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 状双间隔器是金属复合体,在DNA向中具有潜在的应用.
- 了解这些复杂物与DNA的动态相互作用对于它们的发展至关重要.
- 奇拉复合体的立体同位素 (enantiomers) 可以表现出不同的生物和化学特性.
研究的目的:
- 为了研究一种奇拉双间隔器的立体同位素之间的动态区分特性,mu-C4{cpdppz}{2}-{phen}{4}Ru{2}{4}+),和DNA.
- 阐明控制这些反体与不同DNA序列的结合和解离的动力机制.
- 探索盐度对奇拉复合物的解离动力学的影响.
主要方法:
- 热力学和动力学研究的复杂的形成,在等离子体 (德尔塔-德尔塔和兰巴-兰巴) 和DNA (小牛胸腺DNA,poly(dA-dT,混合序列DNA) 之间.
- 动力分析使用多指数适配函数用于关联和单/双指数适配用于解离.
- 在不同盐度下研究反应动力学,以确定盐的依赖性.
主要成果:
- 两种Delta-Delta和Lambda-Lambda反体都对小牛胸腺DNA表现出强烈的热力学亲和力.
- 在结合动力学上观察到的显著差异:德尔塔-德尔塔反体对小牛胸腺DNA的亲和力比聚-dA-dT更高.
- 兰巴-兰巴等离子体的解离速度大约是德尔塔-德尔塔等离子体的十倍,与不同盐的依赖性,表明不同的机械路径.
结论:
- 在DNA相互作用时,奇拉双间隔器表现出其反体之间显著的动态歧视.
- 分离动力学高度依赖于DNA序列和复合物的性.
- 解离的速度限制步骤可能涉及大量的DNA形状变化,这是由重的间接器解线引起的.


