基于分子动力学的初始酸A/HIV-1蛋白酶分裂部位的质子化状态的分配
S Piana1, D Sebastiani, P Carloni
1Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati and Istituto Nazionale di Fisica della Materia, Via Beirut 2-4, 34014 Trieste, Italy.
Journal of the American Chemical Society
|September 6, 2001
概括
这项研究挑战了先前对HIV-1蛋白质酶结构的解释,表明二质子化酸二可能比单质子化形式更有可能. 计算分析支持这种新模型,与实验性NMR数据和酶抑制机制保持一致.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 计算化学的计算化学
- 结构生物学 结构生物学
背景情况:
- 之前13C NMR对佩普斯丁A/HIV-1蛋白酶的实验表明,一个单质子Asp二.
- 这种解释是基于在NMR光谱中观察到的共振线.
研究的目的:
- 用计算方法研究HIV-1蛋白酶中的Asp二的质子化状态.
- 调和实验性NMR数据和拟议的结构模型之间的差异.
主要方法:
- 在模型系统上进行初始分子动力学计算.
- 计算13C NMR化学转移和同位素转移.
- 价值键建模以解释化学位点不平等.
主要成果:
- 之前提出的单质子模型被发现在皮秒时间尺度上不稳定.
- 一种二二二模型与实验13C NMR数据有很好的一致性.
- 该模型合理化了两个碳位点的化学不平等,尽管有对称的质子.
结论:
- 二质子化酸二是一种更准确的HIV-1蛋白酶活性部位的表现.
- 这一发现支持了阿斯巴巴特蛋白酶抑制和基质结合的拟议机制.
- 计算方法为分析其他HIV-1蛋白酶/抑制剂复合体提供了一个框架.


