终端形式胺基群对聚胺基对DNA序列识别的影响
Eilyn R Lacy1, N Minh Le, Carly A Price
1Department of Chemistry, Georgia State University, Atlanta, Georgia 30303, USA.
Journal of the American Chemical Society
|March 7, 2002
概括
将终端形式胺基组添加到pyrrole-imidazole聚胺中显著提高了它们的DNA结合亲和力,并改变了序列的特异性. 这种修改促进了分层堆叠模式,导致特定DNA序列的结合亲和力增加了100倍.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 化学生物学 化学生物学
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- role-imidazole聚胺是通过小沟结合进行序列特定DNA识别的关键剂.
- 聚胺二元体可以采用不同的堆叠模式 (重叠与分阶),影响DNA序列识别.
- 终端形式基团对这些堆叠模式和DNA相互作用的影响仍然未得到充分研究.
研究的目的:
- 合成和评估带有和没有终端formamido组的聚胺trimers.
- 为了研究终端形式基团对DNA结合亲和力,序列特异性和动力学的影响.
- 确定含有formamido和未被替代的聚胺所采用的首选堆叠方式 (重叠或分层).
主要方法:
- 合成四个聚胺trimers,有或没有终端的formamido组.
- 利用表面等离子体共振 (SPR) 来检测聚胺与固定DNA头针复合体的结合.
- 分析了来自SPR实验的平衡和运动数据.
主要成果:
- 终端形式基团显著影响聚胺-DNA复合体的形成,影响亲和力,特异性和结合率.
- 形式的聚胺最喜欢在分层堆叠模式下结合,而非替代类型更喜欢重叠模式.
- 一个末端的甲基胺组增加了大约100倍的DNA结合亲和力,并改变了已知的DNA序列.
结论:
- 终端形式基团是聚胺-DNA相互作用的关键调节器.
- 胺基组促进了分阶叠,增强了亲和力,改变了序列识别.
- 这些发现对于开发先进的DNA结合剂至关重要,包括那些针对不匹配的基对的药物.
