分子动力学模拟研究抗体AZ28催化氧化重排的负相关性
Toshio Asada1, Hiroaki Gouda, Peter A Kollman
1Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, San Francisco, California 94143-0446, USA. asada@ms.cias.osakafu-u.ac.jp
Journal of the American Chemical Society
|October 17, 2002
概括
催化抗体AZ28在过渡状态模拟结合和反应速率之间表现出负相关性,这是由于成熟抗体的灵活性降低,影响氧科普重组催化.
科学领域:
- 生物化学 生化学
- 计算化学计算化学
- 免疫学 免疫学 免疫学
背景情况:
- 催化抗体AZ28独特地证明了过渡状态模拟物 (TSA) 的结合亲和力和氧科普重组的催化速率之间的负相关性.
- 当将成熟的催化抗体与其生殖系对应物进行比较时,可以观察到这种现象.
研究的目的:
- 调查AZ28抗体催化氧科普重组中负相关性的分子基础.
- 阐明抗体灵活性和过渡状态和TSA之间的结构差异的作用.
主要方法:
- 最初的分子轨道计算被用来优化结构.
- 用分子机械分子动力学模拟来评估灵活性和相互作用.
主要成果:
- 过渡状态结构比TSA更为平面.
- 由于有利的静电相互作用,AZ28对TSA具有较高的结合亲和力,但其降低的灵活性阻碍了与平面过渡状态的结合.
- 这种降低的灵活性导致成熟的抗体具有较大的活化自由能量,与生殖系抗体相比.
结论:
- 胚胎和成熟AZ28之间的灵活性差异,以及TSA和过渡状态之间的结构差异,解释了观察到的负相关性.
- 残留物34 (L) 的突变会影响结合的自由能量,但不会改变负相关性.
