使用单个基因组序列检测M.结核病和P. falciparum的选择

科学领域:

• 进化生物学是进化的生物学.
• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 对蛋白质的选择性压力通常通过核酸序列比较来评估.
• 需要分析单个基因组序列的选择方法.

研究的目的:

• 引入一种新的方法来检测使用单个基因组序列的蛋白质选择.
• 编目和分析Mycobacterium结核菌和Plasmodium falciparum整个基因组的选择强度.
• 在显著的选择性压力下识别未表征的蛋白质.

主要方法:

• 开发了一种方法来估计从单个基因组序列的选择性压力.
• 应用了该方法来分析Mycobacterium tuberculosis和Plasmodium falciparum中所有基因的选择.
• 检查了对在Plasmodium falciparum的不同生命周期阶段表达的基因起作用的选择.

主要成果:

• 确定大多数抗原,包括PE/PPE和EMP1家族,都受到氨基酸替代的强烈选择.
• 发现了许多未表征的蛋白质,它们也经历了强大的选择性压力.
• 发现,与其他阶段相比,在Plasmodium falciparum环状阶段表达的基因表现出更强的积极选择.

结论:

• 新方法提供了全基因组自然选择分析,与比较序列分析相比,数据需求减少.
• 这种方法适用于广泛的测序生物.
• 突出了特定蛋白质家族和病原体生命周期阶段的选择的重要作用.