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核运输机械对的全基因组定位 转录状态和核组织

Jason M Casolari1, Christopher R Brown, Suzanne Komili

  • 1Department of Systems Biology, Harvard Medical School and Department of Cancer Biology, The Dana-Farber Cancer Institute, Boston, MA 02115, USA.

Cell
|May 13, 2004
PubMed
概括

与核孔综合体 (NPC) 和核运输因子的基因关联与基因活性有关. 高度转录的基因与NPC蛋白相关,而不活跃的基因与RanGEF相关.

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科学领域:

  • 分子生物学分子生物学
  • 细胞生物学 细胞生物学
  • 基因组学就是基因组学.

背景情况:

  • 众所周知,核孔综合体 (NPC) 和核运输因子在调节基因转录中起作用.
  • 了解基因组与核运输机械相对的空间组织对于破译基因调节至关重要.

研究的目的:

  • 研究核运输机械部件与Saccharomyces cerevisiae基因组的关联.
  • 确定基因转录状态如何影响与核孔蛋白和运输因子的相互作用.

主要方法:

  • 进行了全基因组关联研究,以确定与卡里奥费林,核波林和Ran guanine-核酸交换因子 (RanGEF) 相互作用的基因.
  • 与这些关联相关的转录活性和特定结合位点的存在 (例如,Rap1) 被分析.
  • 在转录激活过程中 (例如,GAL基因) 监测了基因定位和与核成分的关联的动态变化.

主要成果:

  • 大多数核氨酸和氨酸首选与高度转录的基因和含有Rap1结合位点的基因结合.
  • 兰氨酸核酸交换因子 (RanGEF) 显示与转录不活跃的基因具有优先关联.
  • 转录激活GAL基因导致它们与核孔蛋白结合,向核外围移动,并与RanGEF分离.

结论:

  • 基因组组织与基因的转录状态有动态的联系.
  • 核运输机器,包括NPC和RanGEF,在基因活动的基础上组织基因组中发挥作用.
  • 这些发现表明,基因表达状态与通过核运输系统在核内定位之间存在直接联系.