用于基因组规模分析酶反应的EC号的计算分配

科学领域:

• 生物化学 生物化学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 系统生物学 系统生物学

背景情况:

• 酶委员会 (EC) 编号对酶反应进行分类,并在基因组分析中识别酶/基因.
• 将基因组数据与代谢途径 (代谢重建) 联系起来至关重要,但由于未被特征化的酶的未分配的EC编号而受到阻碍.
• 目前的EC编号分配依赖于已发表的酶表征,许多反应没有被分类.

研究的目的:

• 开发一种计算方法,自动分配EC号码,直到子子类级别.
• 建立一种新的酶反应反应分类 (RC) 数字系统.
• 验证RC编号系统在预测EC编号方面的准确性及其与基因组信息的相关性.

主要方法:

• 开发了一种基于新反应分类 (RC) 编号方案的计算机化方法.
• 分解EC编号反应成反应物对.
• 结构一致的反应物对以确定反应中心,匹配区域和差异区域以定义RC数.
• 使用刀交叉验证来测试基于RC号码的EC号码分配的准确性.

主要成果:

• 计算机化方法成功地分配了EC号码,直到子子类的水平,准确度约为90%.
• 该RC数值系统有效地捕捉了反应机制.
• RC数量与基因组信息有显著的相关性,包括KEGG正统集群 (OCs) 和蛋白质家族.

结论:

• 开发的方法提供了一个准确和自动化的方法来分配EC号码,克服手动表征的局限性.
• 该RC编号系统提供了基于结构和化学转换的酶反应的强有力的分类.
• 这项工作促进了更好的代谢重建,并增强了对基因组学中酶-基因关系的理解.