氨酸的同源序列的结构和动态:一个联合分子动态/NMR研究
Jürgen Graf1, Phuong H Nguyen, Gerhard Stock
1Institute of Organic Chemistry and Chemical Biology, Center for Biomolecular Magnetic Resonance, Johann Wolfgang Goethe-University Frankfurt, Max-von-Laue Strasse 7, D-60438 Frankfurt/Main, Germany.
像三氨酸这样的小型同聚合主要采用聚-l-proline II螺旋结构. 较长的氨酸链和不同的氨基酸,如氨酸和甘氨酸,表现出不同的形状分布,较长的序列有利于α螺旋.
科学领域:
- 生物物理学的生物物理.
- 计算化学计算化学
- 结构生物学 结构生物学
背景情况:
- 了解形状对于蛋白质的折叠和功能至关重要.
- 同聚合可以作为模型系统来研究基本的形状偏好.
研究的目的:
- 为了研究小同聚合中的phi,psi脊柱角度分布.
- 通过结合实验和计算方法来确定形态的热量群.
主要方法:
- 联合分子动力学 (MD) 模拟和异核核磁共振 (NMR) 光谱.
- 使用标量合常数和全原子MD模拟与明确溶剂的高精度.
主要成果:
- 三氨酸主要样本聚-l-proline II螺旋状结构 (~90%) 和β延伸结构 (~10%),没有观察到α-螺旋形状.
- 合规分布显示从Ala(3) 到Ala(7) 的变化很小.
- 三瓦林和甘油三呈现出更广泛的构造性采样,甘油三显示缓慢的cis-trans键平衡.
结论:
- 的形状偏好是依赖于序列和长度的.
- 较长的链 (例如,19-mers) 可以显著样本阿尔法螺旋结构,与较短的同聚合物不同.
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