化合物I在酶-过氧化酶中的电子结构的多功能性
Pietro Vidossich1, Mercedes Alfonso-Prieto, Xavi Carpena
1Centre de Recerca en Química Teorica, Parc Científic de Barcelona, Josep Samitier 1-5, Barcelona, Spain.
catalase-peroxidases (KatGs) 是一种双功能的血酶. 它们的反应中间体.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 酶学 是一种酶学.
- 计算化学的计算化学
背景情况:
- catalase-peroxidases (KatGs) 是一种双功能的血红蛋白.
- 它们属于I类过氧化酶家族.
- 凯特基催化了催化和过氧化反应.
研究的目的:
- 研究KatG反应中间体的电子结构.
- 了解KatG特定的共价添加物在催化循环中的作用.
- 澄清影响化合物I (Cpd I) 基性质的因素.
主要方法:
- 使用密度函数理论 (DFT) 的QM/MM计算.
- 分析了反应中间体的优化结构.
- 与实验性晶体结构进行了比较.
主要成果:
- 在Met264-Tyr238-Trp111的电离状态影响Cpd I的基质性质.
- Tyr238的质子化导致Trp330.0的基质性.
- 脱定位了Met+-Tyr(O-) -Trp adduct上的基.
- 蛋白质的热波动不会改变这些发现,但活性位点几何学会影响旋转密度.
结论:
- 计算结果与BpKatG Cpd I. 的晶体结构一致.
- 这项研究解释了BpKatG.中的Arg426残留物的构型.
- 不同形式的Cpd I在催化酶和过氧化酶途径中发挥着不同的作用.
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