通过PAR-CLIP进行RNA结合蛋白和microRNA点位的全转录组识别
Markus Hafner1, Markus Landthaler, Lukas Burger
1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, The Rockefeller University, 1230 York Avenue, Box 186, New York, NY 10065, USA.
Cell
|April 8, 2010
概括
研究人员在转录组中绘制了RNA结合蛋白 (RBP) 和microRNA-ribonucleoprotein (miRNP) 的结合位. 这种高分辨率的绘图揭示了遗传变异如何影响复杂疾病.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 转录后基因调节涉及许多RNA结合蛋白 (RBPs) 和含有微RNA的核糖蛋白复合体 (miRNP).
- 这些因素表现出细胞类型的特定表达,并在基因表达控制中发挥关键作用.
- 了解它们的结合部位对于破译基因调节和疾病机制至关重要.
研究的目的:
- 开发和应用一种高分辨率的全转录组方法,用于绘制RBP和miRNP结合位点.
- 确定关键的RBPs和miRNPs的确切的约束位置和监管作用.
- 在基因调节和疾病的背景下,为解释遗传变异提供基础.
主要方法:
- 一种基于细胞的交叉链接方法,使用4-氨酸治疗.
- 激核蛋白复合体 (RNP) 的免疫净化.
- 通过cDNA准备,通过提米丁转换到丁转换显示交叉链接的部位,然后进行高分辨率映射.
主要成果:
- 数以千计的结合部位被确定为RBPs和miRNPs,包括PUM2,QKI,IGF2BP1-3,AGO/EIF2C1-4和TNRC6A-C.
- 这些因素与定义的序列动图结合,对外声/内声和编码/未翻译区域有明显的偏好.
- 在整个转录组中生成了精确的结合部位地图.
结论:
- 开发的方法提供了RBP和miRNP结合位点的高分辨率,全转录组映射.
- 这种详细的映射对于理解遗传变异的功能影响至关重要.
- 这些发现将有助于解释变异如何导致复杂的遗传疾病.


