定量相互作用蛋白质组学和表观基因组组标记及其读取器的全基因组概况
Michiel Vermeulen1, H Christian Eberl, Filomena Matarese
1Department of Proteomics and Signal Transduction, Max-Planck-Institute of Biochemistry, D-82152 Martinsried, Germany. m.vermeulen-3@umcutrecht.nl
Cell
|September 21, 2010
概括
基因组三甲基-氨酸标记是稳定的表观遗传调节剂. 这项研究确定了结合这些标记的特定蛋白质复合体,揭示了基因表达控制的机制.
科学领域:
- 表观遗传学和分子生物学
- 染色体生物学 染色体生物学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
背景情况:
- 三甲基-氨酸 (me3) 基因组的修饰是稳定的表观遗传标记.
- 这些标记对于染色质介导的基因表达调节至关重要.
研究的目的:
- 为了识别和表征结合基三甲基-氨酸标记的蛋白质.
- 阐明这些蛋白质复合体在基因调节中的功能作用.
主要方法:
- 高精度定量质谱测量用于识别结合蛋白.
- 全长BAC-GFP标记蛋白的相互作用蛋白质组学,以将蛋白质分配给复合体.
- 染色体免疫沉测序 (ChIP-Seq) 用于绘制基因组结合部位的地图.
主要成果:
- 识别了包括SAGA和ORC在内的特定蛋白质复合体,这些蛋白质结合了独特的三甲基lysine标记.
- 该SAGA复合体通过Sgf29的Tudor域绑定H3K4me3.
- 确定PWWP域是一个潜在的H3K36me3结合动机.
- ORC复合体与LRWD1结合,与抑制性氨酸甲基化位点结合.
结论:
- 专门的蛋白质复合体充当特定三甲基-氨酸标记的"读者".
- 这种读取机制广泛存在,并调解基因表达.
- 揭示了基因控制的基因标记和蛋白质复合体之间的复杂相互作用.


