通过 eRNA 功能定义的不同类增强剂重新编程转录
Dong Wang1, Ivan Garcia-Bassets, Chris Benner
1Department of Cellular and Molecular Medicine, School of Medicine, University of California, San Diego, 9500 Gilman Drive, La Jolla, California 92093-0651, USA.
像FoxA1这样的细胞系因子控制雄激素受体 (AR) 与增强剂结合. 降低FoxA1调节通过将AR转移到新的增强剂来重编程荷尔蒙反应,影响前列腺癌的进展.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 癌症生物学 癌症生物学
背景情况:
- 哺乳动物基因组含有数千种转录增强剂,这些增强剂对于细胞类型特定的基因表达至关重要.
- 增强剂调解信号依赖的转录反应的机制尚未完全理解.
研究的目的:
- 研究细胞系系因子如何影响调节的转录因子,如雄激素受体 (AR) 的活性.
- 探索FoxA1在调节AR结合增强剂中的作用及其对前列腺癌的影响.
主要方法:
- 全球核运行测序 (GRO-seq) 用于分析增强剂活性和RNA生产.
- 对响应FoxA1水平的雄激素受体 (AR) 结合动态的分析.
主要成果:
- 细胞系因子,如FoxA1,可以促进和限制转录因子与不同的增强剂类结合.
- 降低FoxA1的调节,FoxA1是前列腺瘤预后不佳的标志物,导致AR与不同的增强剂结合的显著转变.
- 功能增强剂产生增强剂模板非编码RNA (eRNA) 的证据,其中一些类别可以在没有核细胞重塑的情况下激活基因表达.
- 联结AR似乎可以诱导转录启动和延伸.
结论:
- 有大量的活性增强剂存在,可以动态调节以产生替代基因表达程序.
- 这些发现提供了对发育,分化和疾病进展中的序列基因表达事件的见解,特别是在前列腺癌中.
- 福克斯A1在调节AR增强器参与中的作用凸显了晚期前列腺瘤的潜在治疗脆弱性.
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